神助拳，义和团，只因鬼子闹中原。劝奉教，自信天，不敬神佛忘祖先。男无伦，女行奸，鬼子不是人所添。如不信，仔细观，鬼子眼珠都发蓝。天无雨，地焦干，全是教堂遮住天。神也怒，仙也烦，一同下山把道传。非是邪、非白莲，独念咒语说真言。升黄表，敬香烟，请来各洞众神仙。神出洞，仙下山，附着人体把拳玩。兵法艺，都学全，要平鬼子不费难。拆铁路，拔线杆，紧接毁坏火轮船。大法国，心胆寒，英美俄德尽萧然。洋鬼子，全平完，大清一统锦江山。
这是义和团运动中最广为流传的口号，正是在这一口号的指引下，义和团运动如火如荼地开展起来。
义和团原名义和拳，首先兴起于山东、直隶交界一带，最初主要由大刀会、红拳、梅花拳、义和拳、神拳等民间武术团体、结社和信奉白莲教的群众发展而来，他们以“保卫身家，防御盗贼”为号召，聚众设坛，练拳习武，并没有明确的斗争纲领，反洋教斗争也存在着明显的自发性、分散性和缺乏统一组织领导等特点。甲午战争后，随着帝国主义侵略扩大以及教会势力的横行，义和拳开始走上反帝斗争的道路，但斗争成果十分有限。随着反洋教斗争的深入发展，义和拳各组织开始联合成几支力量较强的队伍。1897年春，山东冠县梨园屯的天主教民在法国传教士支持下，与村民争夺玉皇庙庙基，结果引发双方的激烈冲突，梨园屯村民在阎书勤等人率领下拆毁教堂，驱逐教民，并邀请直鲁交界处直隶威县的梅花拳首领赵三多前来护庙。4月，赵三多率领拳众在梨园屯亮拳设厂，义和拳声势开始壮大。到1898年10月，阎书勤联合赵三多等，聚众烧毁红桃园教堂，占领犁园屯，进而在冠县蒋家庄（今属河北省威县）打出“助清灭洋”的旗帜，义和团队伍迅速发展到千余人，蔓延至临清、武城、邱县及直隶威县、曲周、南宫等十几个县。这一时期，规模较大的义和拳组织还有刘士端创立的活动于曹县、单县、菏泽、定陶、郓城等地的大刀会，朱红灯和心诚和尚率领的山东东昌府茌平、平原、禹城一带的神拳以及以王庆一为首的直隶南部枣强县的义和拳组织等，他们焚毁教堂，处死洋人，打击教会势力，阻止修筑铁路，拆除租界界石，在反帝斗争中不断壮大，逐渐成为这一地区重要的反帝力量。义和团运动蓬勃发展起来，正如当时的民谣所记载的那样，“义和团，起山东，不到三月遍地红”，可见当时义和团运动发展的速度是相当快的。
义和团运动兴起后，清朝部分地方官员对之采取了较为慎重的态度，这主要是出于对洋教势力专横的不满以及对乡民反洋教斗争的同情，更是出于加强控制和利用义和团的目的。当然清政府在利用义和拳对抗教会力量、抵制教会势力过度膨胀的同时，也非常重视加强官府对义和拳的控制，以防止出现更大规模的反教会斗争，引起列强的不满和干涉。1898年6月后，李秉衡、张汝梅、毓贤等山东巡抚认为“际此时艰日亟，当以固结民心为要图”，建议“化私会为公举，改拳勇为民团”，“将拳民列诸乡团之内，听其自卫身家，守望相助”，对义和拳采取剿抚兼施、先抚后剿、以弹压劝导为主的政策。
这一时期清中央政府对义和团的政策主张主要是“善为安抚”政策，以达到“收为干城之用”的目的，这主要是因为戊戌政变后，西太后对得到国外支持的维新是十分敌视的，她对康、梁和光绪皇帝余恨未消，悬赏十万金捉拿康、梁，下令在广东捕杀二人的亲族，掘了二人的祖坟，又派人到海外去行刺。当她得知康、梁等人受英、日等国庇护，得以出逃，并在国外继续从事保皇活动时，恨得摔碎手中的玉壶，发誓“此仇必报”。慈禧虽然囚禁了光绪帝，并对他施加虐待，但总觉得留着他对自己威胁太大，时刻想把光绪除掉。训政不久，宫中即传出皇帝病重的消息，英、日等国驻华公使马上表示关切，不断向总理衙门询问皇帝的情况，还派出法国医生入宫诊视，结果医生宣布皇帝没病，使慈禧无法对光绪帝下手谋害。谋害既不成，慈禧决定将光绪的皇位废掉，但这同样遭到国内外的反对。面对这一形势，荣禄给慈禧太后出了个主意：“择宗社近支子，建立阿哥”“育之宫中，徐篡大统。”“大阿哥”即太子，清朝没有立太子的制度，但慈禧也顾不得这个，立即表示同意。1900年1月14日，清廷以光绪帝名义颁诏，称其不能诞育子嗣，立端王载漪子溥隽为大阿哥，准备将来继统当皇帝。这一诏书颁布之后，国内舆论哗然，上海绅商各界和维新人士联名通电反对，上海电报局总办经元善等一千二百余人联名上书反对，慈禧下令将经元善捉拿治罪，经元善在英国的帮助下逃往香港。各国公使提出警告，拒绝入贺，废主计划被迫搁置，这使慈禧太后更加气恼。这一系列事件，使慈禧感到真正对她权力地位构成威胁的是外国的干预，她对外国的火气越来越大，报仇之心也越来越切。在此基础上，以慈禧太后为首的守旧派出于对西方科技知识，尤其是武器的无知，相信拳民的所谓“法术”，认为他们能“避火器”，刀枪不入，能实现“扶清灭洋”这一壮举。正因如此，1900年1月11日，清政府发布“上谕”，对义和团采取赞赏态度。“上谕”说：“若安分良民，或习技艺以自卫身家，或联村众以互保闾里，是乃守望相助之义。地方官遇案不加分别，误听谣言，概目为会匪，株连滥杀，以致良莠不分，民心惶惑”，要求地方今后“办理此等案件，只问其为匪与否，肇衅与否，不论其会不会，教不教也”。4月17日，清政府再次明谕：“各省乡民设团自卫，保护身家，本古人守望相助之谊，果能安分守法，原可听其自便。”这在一定程度上承认了义和团反帝运动的合法性，在客观上促进了义和团运动的进一步发展。
清政府对待义和团的态度和政策引起西方列强的强烈不满，他们纷纷给清政府施加压力，清政府遂撤换毓贤，派工部右侍郎袁世凯处理义和团问题。袁世凯署理山东巡抚后，对义和团运动采取剿杀政策，他利用手中掌控的新式陆军，对练拳或赞成拳厂者杀无赦，而且他还责令地方军“若匪至不痛击，则将领以下概正法”。1899年12月25日，他亲自统率装备精良的七千名武卫右军到达济南“绥靖地方”“清除匪类”，对义和团实行严厉的“分布队伍逐处弹压”。在袁世凯的强力打压下，到1900年5月，义和团在山东的发展遭到极大限制和破坏，“各种拳厂，均已撤闭”，或“潜匿僻壤，私相演授”，或转向直隶地区进行斗争。山东义和团进入直隶地区后，迅速与当地团民联合在一起，队伍进一步壮大，开始分成东西两路，经大运河和芦汉铁路向京、津地区发展。
京津地区是清王朝的京畿之地，这里的帝国主义侵略势力也非常强大，两千多所教堂遍布全省，由于当地人民长期受到教会的欺压，反抗的情绪也十分高涨，1900年5月12日，涞水、定兴、新城、涿州、易县等地团民焚毁高洛村教堂，当场处死未跑掉的传教士，次日又到定兴县仓巨村烧毁教民房屋十数家，并大败前来镇压的清军，义和团士气大振。同月27日，义和团数千人乘胜攻占北京南面的重镇——位于铁路线上的涿州，在城门上树起“兴清灭洋”旗帜。为了阻挡清军前来镇压，义和团将涿州至长辛店的铁路、车站、桥梁、电杆尽行焚毁，占领丰台车站后直逼北京并陆续进入北京城。此后义和团继续进发，向东到达天津，在新城县的板家窝和白沟镇逐渐聚集。新城人张德成在静海县的独流镇统率义和团众达两万多人，静海县曹福田为首的义和团团民也有数千人之多，京津地区迅速成为义和团斗争的中心地区，“旬日之间，神坛林立”“日以焚教堂、杀洋人为事”，大有燎原之势。
义和团在京津地区的迅速发展引起清政府和西方列强的极大震动。1900年5月28日，列强以保护使馆为名，宣布派遣“卫队”进驻北京使馆，并无视清政府的多方劝阻，于6月初集结四百余名外国官兵携带机关炮等新式武器强行进入北京，外国军舰也继续在大沽口外集结，准备派更多军队进入北京。面对义和团以及外国侵略军的双重威胁，清政府十分恐慌，在“拳会蔓延，诛不胜诛”的情况下，清政府权衡利弊，从利用义和团对付外国侵略者的目的出发，试图通过和平解散义和团的办法缓解局势，遂开始调整其对义和团的镇压政策为主抚政策。6月3日，慈禧太后谕令各州县官“亲历各乡谆切劝导”义和团解散，“不可操切从事”“毋得轻伤民命”，6日又加派军机大臣刚毅前往涿州劝导义和团解散。刚毅到涿州后要求义和团“赶紧撤队，各散归农”，并命令清军停止对义和团的镇压，各地方官员也随之相继停止了对义和团的镇压。6月中旬，在西方列强对北京加大军事威胁下，清政府主抚义和团的政策更趋明朗，暂时承认了义和团的合法地位，义和团团民得以大批进入北京，北京城内的贫民、手工业者甚至部分清军官兵、中小地主也加入义和团，到6月下旬，京城内外的义和团团民已逾三万人，他们打击媚“洋”官吏，禁止洋货买卖，包围东交民巷使馆区和教堂，在京津各处遍张揭帖，要求外国侵略者滚出中国，逐步确定了“扶清灭洋”的行动纲领。
义和团运动在北京、天津地区的蓬勃发展极大鼓舞了其他地区民众的反帝士气，全国上下在短短数月内迅速掀起反帝斗争的高潮。在东北，到1900年6月，营口、锦州、盛京（今沈阳）、旅顺等地也出现了义和团组织，吉林、黑龙江等地的义和团也相继出现，并提出“保国灭洋”的号召，将斗争的矛头直指教会和中东铁路。与此同时，内蒙东部的昭乌达盟和哲里木盟以及中部集宁和托克托等地各旗也出现义和团的斗争，他们提出“上打洋人下打官”的口号，烧毁教堂，惩罚教士，散布义和团揭帖。山西省的义和团运动以太原为中心，遍及11州、6厅、40余县，排外情绪狂热。河南义和团和当地的大刀会联合开展反洋教斗争，到1900年9月，捣毁全省四分之三的教堂。南方各省以及西北、西南广大地区群众性反帝斗争浪潮也相继出现并不断扩大，义和团运动在全国范围内轰轰烈烈地开展起来。
但在全国范围内广泛开展的义和团运动仍旧没有形成统一的组织，他们在各地的斗争实践中提出“兴华灭洋”“顺清灭洋”“助清灭洋”“保清灭洋”“扶清灭洋”等多种口号，这些口号虽然表达方式不尽相同，但都达成了“灭洋”的共识，这深切反映出当时中国社会主要矛盾的变化，即帝国主义对中国的侵略所造成的与中华民族之间的民族矛盾成为主要矛盾，中国内部封建统治阶级和人民大众之间的矛盾暂时降到次要和从属的地位，集中力量反抗外国侵华势力、打击教会是义和团起义队伍斗争矛头的主要指向，他们反对教会“祸乱中华”，要“保护中原，驱逐洋寇”，明确表示出其反帝爱国的立场和性质。