六年正月，授湖广总督。二月，贼由湖北窜扰河南，直趋山东。五月，渡运河，济南戒严；淮、豫、东、皖各军虽屡胜，而贼瞬息千里，不能制。鸿章以督办军务日久疲师，奉旨戴罪立功，迅赴山东会剿。始，曾国藩督师时，议于运河东岸沿堤筑墙杜贼窜越。鸿章守其策而注重运西，饬豫军提督宋庆、张曜两军分守山东东平以上自靳口至黄河沈家口，周盛波分守开河至靳口，刘秉璋分守济宁至开河，杨鼎勋分守赵村石佛至南阳湖，李昭庆分守滩上黄林庄至韩庄八闸，皖军黄秉钧等分守宿迁运河上下游，声息相通，互为策应，使贼不得出运。六月，抵济宁。贼窜过潍县，欲趋登莱，鸿章谓偪贼入海隅聚歼为便，乃创胶莱河防之策，令刘铭传、潘鼎新于胶莱河南北二百八十余里筑长墙，会合豫军、东军分汛设守。奏言：衡量利害之轻重，与其驰逐终年流毒江、皖、东、豫、楚各省，不如弃一隅以诱之；与其往返运东，济、泰、兖、沂、青及苏之淮、徐、海各属均受其害，不如专弃登莱以扼之。胶莱河之防不密，则登莱无可扼；运河之守不密，则胶莱仍不足恃。贼踪已向胶东，臣意俟运堤与胶莱河防均已布定，乃可抽兵进剿，庶灭一贼、少一贼，贼智自困而兵力不疲。时任、赖诸贼麇集莱阳、即墨间，恐胶莱河防断其窜路，伺隙反扑堤墙，数败；七月，潜由海神庙扑渡潍河，东军御之不及，胶莱防溃。下部议处。鸿章亟饬淮、豫各军严扼运防，而令刘铭传、郭松林、杨鼎勋三军往来蹑击。十月，迫至赣榆，降酋潘贵升枪毙任柱于阵，赖汶洸率众窜山东。十一月，刘铭传等迫追，连败之诸城、潍县、胶州；贼穷蹙，遁入海滨洋河、弥河之交。官军围击，几歼其众，赖汶洸率骑数百走而南。十二月，复纠集千余骑突至沭阳，冲渡六塘河，窜扬州；道员吴毓兰驻守运河，率队击擒之，余匪悉降。东捻平，赏加一骑都尉世职。
七年正月，西捻张总愚由山西吉州踹冰北窜，迭谕鸿章迅饬刘铭传各军入援；未至，贼已分窜直隶东北平乡、鸡泽、南和诸县，下部严议，兼命鸿章亲督所部自临清、德州克日入直，相机剿办。又以贼纵阑入衡水、定州，拔双眼花翎，褫黄马褂，革骑都尉世职。鸿章奏言：办流寇以坚壁清野为上策，嘉庆间川、楚教匪赖此收功；即东捻流窜豫东、淮北，所至民筑圩寨，深沟高垒以御之，贼往往不得一饱，故其畏圩寨甚于畏兵。河北平原千里，无险可守，民又不知筑寨自保；张总愚本极狡猾，遂得肆意蹂躏，无处不流。且自渡黄入晋，沿途掳获骡马甚多，步贼多改为骑，趋避既捷，肆扰尤易。自古办贼，必以彼此强弱饥饱为定；衡贼未必强于官军，但彼骑多而我骑少，自有不相及之势。彼可随地掳粮，我须随地购粮，贼常饱而我常饥，又有不能及之理。今欲绝贼粮、断贼骑，惟有劝谕直隶、山西、河北绅民坚筑圩寨，如果十里一寨，贼至无所掠食，兵至转得买食，贼虽流而其技渐穷。二月，鸿章督军进德州，败贼安平、饶阳。三月，贼窜晋州，渡滹沱河，南入豫，折窜直隶，扑山东东昌。四月，趋茌平、德平，由德州西奔吴桥、东光，偪天津，下部议处；命总统北路军务，限一月殄灭。鸿章以捻骑飘忽，久成流寇，非就地圈围，终不足制贼之命；是时三口通商大臣崇厚及左宗棠皆以为言。而直隶地平旷，无可圈围，欲就东海南河形势，必须先扼西北运河，尤以东北至津沽、西南至东昌张秋为锁钥；乃饬援津之郭松林、潘鼎新两军掘开沧州迤南捷地坝，泄运水入减河，于河东筑长墙断贼窜津之路；东昌运防，则淮军自城南守至张秋，东皖诸军自城北守至临清，并集民团协守。贼自盐山南窜，扑东昌运河，无可乘，复散走。闰四月，以剿贼逾限，予严议。时贼以官军严逼，奔突不常，北谋越减河，南谋越运河；以北路军势重，锐意南行，盘旋陵县、临邑间，旁扰茌平、德平，犯临清运防。鸿章虑久晴河涸，民团不可恃，且昼夜迫奔疲士卒，议乘黄河伏汛，缩地圈扎，以运河为外圈，以恩县、夏津、高唐之马颊河截长补短为里圈。号召民团，即马颊河南联墙筑卡，第余临邑南至济阳滨河百里，冀就西南一隅以制贼。其时官军大败贼于德州扬丁庄，又追败之商河，张总愚率悍党遁济阳，沿河北出德州，犯运防上窜，盐山、沧州皆为官军扼截，乃转向博平、清平。是时黄、运暨徒骇交涨，东昌、临清、张秋闸河水深不可越，马颊河亦经黄水漫入，河西北岸长墙绵亘，贼窜地迫狭，势益困。鸿章增调刘铭传军期会前敌将士分屯茌平之桃桥南镇至博平、东昌，圈贼徒骇、黄、运之内，而令马队于中兜逐，贼无一生者，张总愚投水死。西捻平。先行赏还双眼花翎、黄马褂、骑都尉世职，开复迭次剿捻不力各降革处分。七月，赏加太子太保衔，以湖广总督协办大学士。八月，入觐，赐紫禁城骑马。十一月，乞归省；予假一月。
八年二月，兼署湖北巡抚。八月，命驰赴四川查办总督吴棠参款；复陈所劾不实，道员锺峻、彭汝琮分别革休。十二月，命赴贵州督办剿苗军务，川、楚各军统归节制。
九年二月，甘肃逆回纠合土匪四扰，陕甘总军总督左宗棠驻军平凉，不及兼顾；命鸿章暂缓入黔，先赴陕西督办军务。七月，剿平北山土匪。值天津民人因匪徒迷拐幼孩案，牵涉教堂，殴毙法国领事官，焚教堂，法国使臣罗淑亚索犯急，且以兵舰集津沽为恫喝计；廷议促鸿章移师天津，密筹防卫。八月，调直隶总督，谕偕前任总督曾国藩速定谳。寻奏上，罗淑亚无异辞。十月，撤三口通商大臣，以总督兼任，改为北洋通商事务大臣。
十年，日本初请通商，授全权大臣与定约。
十一年正月，偕两江总督曾国藩奏选幼童赴美国肄业，又遴游击卞长胜等赴德国学习军械技艺。五月，授大学士，仍留总督任。六月，授武英殿大学士。
十二年闰六月，河道总督乔松年、山东巡抚丁宝桢筹治黄、运两河以通漕，下鸿章议。鸿章覆陈，大旨谓：淮徐故道，势难挽复，借黄济运与借卫济运及堵合霍桥决口、筑堤束水诸策，流弊亦多。河在东，虽不亟治，而后患稍轻；河回南，即能大治，而后患甚重。近世治河兼言利运，遂致两难，卒无善法。不知黄水既不能入运，断难一治而两全。为今之计，似不得不出于河自河、漕自漕。治河之策，不外古人「因水所在，增立堤防」一语，应令河道总督、山东巡抚察酌形势，量筑堤埝，俾资周防，而期顺轨。议漕政者，皆不以规复河运为望；然自道光六年即创办海运，咸丰以后无年不由海运，无年不由釆买。今日海道畅行，轮舶骈集，转输既捷，费用大省；复此难恃且费之河运胡为？苏、浙漕粮现既统行海运，江、广等省本改漕折，宜由各督抚酌提本色若干石运沪解津；不然，指拨漕折由南省釆买运津、或由天津招商釆办亦可。若虑缓急之间京储匮乏，应于无事时多筹釆运，使数年中得有一年之蓄，则内顾可以无虞。上嘉其所奏详尽，下部议行；兼谕乔松年、丁宝桢勘筑堤埝，以资捍御。十二月，以明年慈禧端佑康颐皇太后四旬万寿及上亲政后初届元日令辰，下部优叙。
十三年三月，授全权大臣，与秘鲁国议招工事，因定和约专条。十月，慈禧端佑康颐皇太后四旬万寿，加恩中外大臣有老亲年八十以上者；鸿章母未及八十，特赏御书匾额、玉如意、大卷江绸、八丝缎袍褂料。十二月，调文华殿大学士。
光绪元年，日本与台湾生番争，船政大臣沈葆桢治台事，鸿章饬提督唐定奎率淮军渡海助之剿抚。总理各国事务王大臣奏筹善后海防六策，命详议以闻。鸿章覆奏如原议，略谓：所陈练兵、简器、造船、筹饷、用人、持久六条，均救时要务。所未易猝办者，人才之难得、经费之难筹、畛域之难化、故习之难除。今日所急，惟在力破成见，以求实际而已；舍变法与用人，别无下手之方。伏愿皇上顾念时势艰危，节省冗费，讲求军实，造就人才，皆不必拘执常例。而尤以人才为急，要使天下有志之士无不明于洋务，庶练兵各事，可期逐渐精强。积诚致行，尤需岁月，迟久乃能有济。目前固宜力保和局，即将来器精防固，亦不宜自我开衅。
二年，英国使臣威妥玛因云南戕杀教士马嘉理，要求不遂，下旗将归国，鸿章以全权大臣赴烟台邀威妥玛商办。威妥玛坚求严办，适俄、德、法、美、日、奥六国公使及兵舰齐集烟台，鸿章故示整暇，往来谈燕，并召诸使、水师将领大会乐饮；六国协力阻英之请，乃与威妥玛定优待往来通商事宜，复寻旧盟。
三年，议覆穆宗毅皇帝、孝哲毅皇后升祔位次，奏言：礼亲王等请仿照奉先殿成案增修龛座，为折中之论。惟太庙规制有定，国家统绪无穷；醇亲王请明降谕旨，晓示天下，自今以往，亲尽则祧，并请以后殿东西二梢间永藏祧主，此则导皇上以大让、酌庙制以从宜。礼贵因时，让为美德，非天子不议礼；应否允行，应秉圣裁。诏并如议。八月，晋豫亢旱，鸿章筹巨款赈济。时直隶亦患水，永定河居五大河之一，累年漫决，害尤甚；鸿章修复金门闸及南上北三灰坝、卢沟桥以下二百余里改河筑堤，缓其溜势，别浚大清河、滹沱河、北运河、减河以资宣泄。自是水患少纾。
五年，恭题穆宗毅皇帝、孝哲毅皇后神主，赏加太子太傅衔。
六年七月，始创海军，订造铁甲诸船于外洋；以管驾需才，奏立北洋水师学堂。电报之设也，鸿章初行于大沽北塘海口炮台，以通天津，传达号令；八月，遂设南北洋电线，自天津循运河逾江抵镇江而达上海，亘三千里。未几，各国请于上海建万国电报公司暨南北洋海线，于是接办沿海陆线，过浙、闽至粤，道里以倍。后十余年间，电线布满各省。巴西通商，以全权大臣定约。十二月，福建巡抚刘铭传疏请开行铁路，鸿章议有九便，事下所司。
七年六月，因慈禧端佑康颐昭豫庄诚皇太后前岁春圣体违和，特谕各直省延访良医，鸿章疏荐道员薛福辰；至是大安，予优叙。九月，恭题孝贞显皇后神主，赏穿带膆貂褂。昔年鸿章于江宁、上海有机器制造局之设，于上海有轮船招商局之设，天津旧有机器局集资拓充，并开釆磁州煤铁矿、开平煤井，又设上海纺织局，近筑津榆铁路，远开漠河金矿，以浚中国之利源，杜外人之侵占；先后得旨允行。
八年三月，母病，予假一月，赴鄂省视，赏人。旋丁母忧，赐祭一坛；灵柩回籍时，着地方官妥为照料。谕俟百日后，以大学士署理直隶总督。鸿章累疏固辞，允开缺；仍驻天津督练各军，并署通商大臣。六月，朝鲜内乱；鸿章时在籍，趣赴天津，署总督张树声先饬提督吴长庆率淮军援朝鲜，定其乱。鸿章因为朝鲜酌定善后之策。
九年正月，奏请回籍营葬，予假两月，假满即回署任。六月，命署理直隶总督兼通商大臣；累疏乞终制，不允。
十年八月，服阕，授大学士、直隶总督兼通商大臣。十月，慈禧端佑康颐昭豫庄诚寿恭皇太后五旬万寿，赐御书「揆元经体」匾额，仍授文华殿大学士。时法、越构兵，越之山西、北宁皆陷。云贵总督岑毓英督师行边为越南援，法乃自请讲解。鸿章与法总兵福禄诺议订简明条款既竣，而法人伺隙陷越之谅山，薄镇南关，兵舰驶入南洋，分扰闽、浙、台湾，边事大棘。北洋口岸南始烟台、北迄山海关，延袤几三千里，而奉、直接壤之旅顺口为首冲，饬提督宋庆等率军守之，水师统领提督丁汝昌以蚊快船表里依护；副将罗荣光守大沽，提督唐仁廉守北塘，提督曹克忠、总兵叶志超守山海关内外，总兵全祖凯守烟台，重兵联络，海疆屹然。
十一年正月，朝鲜乱党突入王宫，戕其执政大臣六人，日本阴助之；驻防提督吴兆有等以兵入护，剿除乱党，伤及日本兵。日本藉以为辞，鸿章奉命为全权大臣，允其撤兵，而所索议处统将、抚恤难民，则严拒不许。法大败于谅山，又不获逞志于闽、浙、台湾，复寻成。四月，授全权大臣，与法使巴德纳增减前约，法事乃弭。五月，以筹济滇、粤前敌饷需、军火无缺，下部议叙。西法水陆将士皆出学堂，鸿章奏仿行之，挑选各防营弁勇入武备学堂肆业。九月，设海军衙门，醇亲王总其事，命鸿章会同办理。
十二年，以全权大臣定法国通商滇粤边界章程。
十三年，会订葡萄通商之约。
十四年，海军成，为船二十有八舰；檄饬海军提督丁汝昌统率全队，周历南北、印度各海面练习风涛阵技，岁率为常。
十五年，慈禧端佑康颐昭豫庄诚寿恭钦献皇太后归政，懿旨赏用紫缰。
十七年二月，命偕山东巡抚张曜校阅海军。十一月，热河教匪滋事，蔓延平泉、朝阳、建昌、赤峰四州县，分扰蒙古翁牛特诸旗；遣直隶提督叶志超往剿，旬日平其乱，下部议叙。
十九年正月，鸿章七十寿辰，慈禧端佑康颐昭豫庄诚寿恭钦献皇太后御书「调鼎凝厘」匾额、「栋梁华夏资良辅，带砺河山锡大年」对联、福寿益寿字，御笔蟠桃图、无量佛带膆貂褂诸珍物，上御书「钧衡笃祜」匾额、「圭卣恩荣方召望，鼎钟勋勚富文年」对联、福寿字、无量佛诸珍物赐之。