十月初二日，张曜军由喀喇沙尔进库车。有回酋麻木尔，自库车南之沙雅尔遁还阿克苏西南之哈番。至是，谋袭库车官军。锦棠自阿克苏侦知之，初七出兵，初九日击哈番回，破之，解散其众，麻木尔受创遁。时西四城犹在安酋手：伯克胡里自踞喀什噶尔，其南英吉沙尔，又南而偏东叶尔羌，再南而东日和阗，和阗距喀城最远，其伯克名呢牙斯，围叶尔羌以应官军。伯克胡里愤甚，率众救叶尔羌，呢牙斯败走，降张曜军。伯克胡里进踞和阗，其留守喀城酋名阿里达什，于白彦虎之失乌什而来投，拒不纳，而喀城原有从逆之守备何登云、章京英韶，及满、汉兵弁数百人，守汉城反正，使使迎官军。阿里达什保回城以攻汉城，告急于和阗。伯克胡里方以复保西四城向外国英、俄两边告捷，闻警，弃和阗奔回喀城之回城，且先属收纳彦虎自助。锦棠方自阿克苏遣军将攻叶尔羌，而喀城汉城反正并告急之使至，乃分军三道取喀城，期以十一月十四日入喀城。十三日日中，两路进取之军皆抵喀城，距数十里之外。锦棠自统之兵，方进驻叶尔羌、和阗间冲要，以为声援。贼候骑猝遇官军，急归呼言“大军至矣”，缠回皆骇溃，安酋禁杀不能止。安、白两酋皆逃走，其党犹城守。夜三鼓，军抵城下，骑贼出战，汉城降弁凭城大呼助威，贼大败，守城贼亦尽走，未明而克喀城。追获著酋于小虎、马元、王元林等。白彦虎、伯克胡里及阿里达什遁入俄。锦棠师截歼逸贼，疾驱而前。十七日，复叶城，二十日复英吉沙尔，二十九日复和阗，于是南疆西四城皆下。俘故帕夏四子、三孙及妻子，按律治之。磔于小虎、马元、麻木里及倡乱之金相印父子于市。诛悍党安回、缠回、陕甘回千一百六十六人。新疆平。以次查各城流寓番夷，英国有商官、商人凡十人，乳目国有洋操教习二、商三，阿剌伯人三，皆给资遣还国。印度痕都斯坦及回部各国人五千余，去留听自便。希鲁特本分十九部落，喀城西北五部落已附俄，其余十四部落附安集延，至是附安者求内附，纳之。嗣是，四年十月、五年正月，俄迭纵逋回犯境，皆擒斩极多，并由回目捕献其来寇之酋阿里达什，迫俄交还伊犁约定后乃已。新疆之改行省，亦在俄约定后，事由锦棠主政。其郡县名，与旧设治之沿革，《史稿·地理志》详之，不具列。
附：俄还伊犁始末
俄乘乱据伊犁，由其驻使以代收来告，事在同治十年五月。并告将收乌鲁木齐，其地有结团自保之汉民徐学功等，非纯在乱回手，故不得逞而退。伊犁已为俄据七八年，而后回疆平，而后索返之事起。盖据伊犁在金积堡下后，宁夏始告肃清之日。光绪元年五月，俄兵官索思诺福斯齐等五人，奉命来华，取道甘肃出关归国，至兰州，谒宗棠于节署。是年正月，英翻译官马嘉理在滇为腾越官军所戕，英使威妥玛扬言英将调印度兵由缅甸入滇，结俄兵由伊犁进，以牵制西师。既而有俄使过陇之事，廷议皆疑其受威妥玛指，来观我虚实，告宗棠毋示以瑕。宗棠复总署董尚书恂书，略谓：“我复旧疆，与英无涉。英欲越缅甸开市滇边，以销鸦片，非各国共有之利，必不甘附和。由缅至滇，非用兵地，以主制客，不为利诱，地险心固，足捍吾圉。此时即与显起衅端，亦不可专以柔道牵之。至俄使奉命来在上年，何知有马嘉理事？何从受其指使？至则坦怀示之。陇祸已十数年，无可掩覆。”至是，果至，宗棠引居节署，间日一会食，询以外传与英有约之事。俄使言：“英人叵测，俄与中国从无衅端，国主意与中国永敦和好。伊犁驻兵，乃防回侵害。俟中国克乌鲁木齐、玛纳斯，即以交还。”又言：“此行意在请由内地开通茶市，径运陇边。”宗棠念俄已于恰克图通商，此请径销茶引，正可杜私贩，自我定厘税章约，许以边事定后徐议。俄使即以关外粮运艰，自请代购其国，径运古城，欲速师期以通茶运，相与订约而别。
二年六月，官军复乌鲁木齐，北路略定。宗棠奏言：“新疆与俄毗连，疆埸之事，一彼一此，不但措置乖方，动多妨碍；即语言交际，偶尔失当，亦启猜嫌争执之萌。臣奉恩命督办新疆军务，身在事中，得害安危，不敢不引为己任。应恳敕下将军、都统各大臣，于俄人交涉事件，除本有定章应各照常办理外，遇交涉新疆者，应咨臣定见主办，不必先与商议，致远人无所适从，庶径路绝而轨辙互通，论说少而争辩自息。”从之。于是议者谓“俄人始约克乌鲁木齐、玛纳斯，交还伊犁。各城已复，当与即申前议”。宗棠以为北路鲜当一面之才，即与旁缘旧说，必多要挟；即收回后，或别有意外之虞，翻难兼顾，不若姑以此委之，得壹意南路。南路平，即伊犁亦为不索而还。既而兵事愈顺，京朝益议交还伊犁。驻京俄使数以边境商民交涉各案未结为词，宗棠皆为平情定谳以报。三年十二月，新疆悉平，叛回渠魁遁入俄。四年正月，宗棠请敕总理衙门与俄使按约索取，复饬金顺移书俄边官，以还伊犁、交叛逆两事并议，而许以重犒。久之不报。是秋，俄借贸易，给白彦虎等路票，入边为寇，擒斩甚众。时五年正月，俄复纵逋回犯边，亦多击斩。朝廷已命吏部侍郎崇厚为全权大臣，与俄政府议收还伊犁事。据宗棠奏俄据伊犁后地方情形，“伊犁西面旧有拱宸、瞻德、广仁、塔勒奇四城，均弃而弗守，倾圮殆尽；绥定一城，近以之杂置陕回，距伊犁仅三十里。伊犁大城，人烟甚少，俄兵及商户，均萃居东面惠宁、熙春、宁远三城，而金顶寺烟户尤多。伊犁管事俄官名马伊尔，品秩不过中国同知、通判之类，主伊犁之事者，七河巡抚也。七河一作七水，其官为固必纳三尔，其名为喀尔怕科斯克依。所驻阿尔图，地属俄境，在伊犁西八百余里。其兼辖之官，名图耳齐坦总督，名为克复满，亦呼高伏满，自称代国大臣，驻浩罕故都塔什干城，距我喀什噶尔不过数十程”云云。观此，知俄于伊犁并不设重兵防华，金顺辈之欲以兵袭取，自是无识之谈。袭取不患其不得，交邻固不当轻以兵相见也。
崇厚使俄，在四年五月。其后俄屡纵逋回以通商为名入犯，奏请俄人未交伊犁以前，应禁其通市。五年三月，崇厚奏言：“俄人于还伊犁，以通商、分界、偿款三端相要，而先请沿边弛禁通商。”廷议通商地方太广，界务复图侵占，偿款又无的数，诏崇厚不可急于索还伊犁，遽行弛禁贻患。下其书于宗棠，宗棠亦剖析其利害甚切。至八月，崇厚遽依前议，迭电报称约章见皆定议，于八月初八日起身赴黑海画押后，即回京复命，并将现议条约十八款摘要知照等语（此语见宗棠奏中所叙八月二十三日上谕）。盖此约为崇厚与俄皇面订。中国有全权使臣，俄国即君主身任，并无留待批准之手续，此见曾纪泽与总署书。崇厚曾任三口通商大臣，曾以全权大臣订中与丹麦通商条约，曾承办中葡换约事宜，未尝非经过订约之熟手。纪泽又谓其牵于私事，回华太急，则其匆匆画押，直是为早作归计。一时舆论哗然。洗马张之洞特疏，修撰王仁堪、庶吉士盛昱等公疏，皆请立诛崇厚，宣布废约。今观其索偿不过二百五十万两，所不足计。通商设领事虽多处，在当时为大患大辱，较之后来开埠日繁，未为甚病。唯分界，于伊犁西以霍尔果斯河为界，已画进数百里；南界于伊犁山外特克斯河流域悉割予俄。伊犁之通道南疆，越天山而行者本有两路，皆在此特克斯河流域以内，割去则只可通乌鲁木齐，再与南疆相接。伊犁将军旧兼辖南北，今无可达之道矣。塔尔巴哈台城，界址亦改。照同治三年议定之界，画去地段不少。尤无理者为南界，伊犁本天山北路重镇，乃不得复自达于天山。此盖除中国之使臣，旗员之奉使，必无更有冒昧及此者矣。朝命逮崇厚下狱，以六年正月初三日命曾纪泽使俄，改订条约，俄亦接受新使，唯以旧使入狱为辱及俄皇。纪泽电请宽释，以全颜面，乃允开议，唯索全权字样，且一不合则云派员赴华，与华政府直接商订。婉转磋商，卒将特克斯河争回，余亦无大更改，然已为交涉之破格矣。方事之殷，宗棠以备战进驻哈密，舆榇而行。俄亦使兵舰游弋中国北洋，畿辅戒严。朝廷召宗棠入都备顾问，以刘锦棠代为钦差大臣。至七月约成，其于白彦虎等，锦棠主索回，俄以国事犯公例相抗，卒以由俄圈禁定议。回疆从此不扰，又保数十年之安。当其时，左帅兵竞于内，曾侯名重于外，人才会合，力等回天。较之军阀称雄，舶来表异，微有殊焉。此可以觇士大夫之风气矣。
（三）云南回。
回之变也，多由聚族而居，与汉人痕迹不化。始而以汉藐回，迨天下多故，则以回仇汉，而汉人无以御之，则变作矣。故回有地域与宗教之系著，陕、甘、新疆尚不尽一气，云南与陕、甘、新，更隔绝自为一系。湘中良将，未暇及此。贵州平苗，尚出湘军之席宝田、刘岳昭辈。戡定滇回，大功成于岑毓英；岳昭虽督云贵，亦唯虚己听之。毓英自有部属，自有节制。盖唯此一隅，不在湘军建绩之列。
今先言滇事之起因。滇自汉至于唐初，亦为中国郡县地。《新唐书·地理志》：“戎州、姚州及泸州三都督府，所隶诸蛮州九十二，皆无城邑，椎髻皮服。惟[唯]来集于都督府，则衣冠如华人焉。天宝末，诸蛮中南诏蛮蒙氏据有其地，旋自立国号大理。”辗转易姓改号，自五代石晋至宋，皆称大理国。宋末，元起北方，当理宗宝祐元年，即元之宪宗三年，灭大理，复为蒙古统地。时蒙古尚未取宋，先有云南。其色目种人，自西域回部移来者至夥。云南回民之多，盖自此始。回汉相仇之事，自来不可胜数。至道光间，汉回互斗，焚杀几无虚日。贺长龄为云贵总督，二十五年十月，永昌府又有回匪纠众肆掠之事。迤西道罗天池杀戮永昌回民，指为内应，歼除几尽，回益怀愤报复。长龄以办理不善降调，代以李星沅，稍理其纷，未久调任两江，又代以林则徐。是时梗法为暴者，与其谓为回民，宁谓实由汉民改变，回以被迫而控之官，省不能理，至控之京部。官不庇汉以虐回，提犯鞫讯。而汉民先以毁官署，劫狱囚，搜杀回户，拆桥梗道，抗敌拒捕闻矣；唯亦有回人滋事者。则徐所谓“止问良莠，不问汉回”，自是正办。然粤乱渐炽，贤长官不能久任滇中。汉回相仇，回以种族、宗教之结合，心力易齐；汉以各地之土豪，逞其势力于一地，至回合各地以成众，则声势不相侔矣。于是遂成十九年据地僭号之祸。
僭号之回为杜文秀，以大理为都，久攻始下。其在道光时，则受汉民所欺压，挺身赴京控诉，而为呈首者也，非不奉法之乱民也；后又助林则徐缉获乱党，且有功于平乱者也，此事近罕知者。
金安清撰《林文忠公传》：保山回民滋事，公奏亲临督剿……中途闻弥渡有警，乃疾趋先击之，一鼓扫荡。保山匪徒闻风震慑，公未至，即呈请缚献。公素侦知首要各犯姓氏。别有杜文秀者，机警多智，曾入都控滇事，公抚而遣之。入赋巢，按名就缚，无一人遁。公详列各犯罪状，五雀六燕，悉当罪。即汉民有勾煽附和先事凌激者，亦一一穷治之。中外耆服。
此言缉回犯，以杜文秀为眼目，所得悉当罪。别言汉民有犯法者，所以别于文秀所侦之回。文秀赴京呈控者汉人，若缉汉犯，自不能托之文秀，然则文秀以回人缉回犯，不以同教推诿，其初固深自效于大吏者。但保山之役，罪在地方官过于袒汉，多戮回人，犯法亦以汉人为甚。文秀即为保山事京控，其助官缉犯，当是保山以外案犯。录《国史旧传·林则徐传》。
（道光）二十七年，升云贵总督。时云南汉回互斗垂十数年，焚杀几无虚日。则徐抵云南，适回民丁灿廷赴京叠控保山县汉民沈振达，串谋诬害，劫杀无辜。经地方官提犯鞫讯，汉民遂纠众夺犯，毁官署，劫狱囚，搜杀回户，拆澜沧江桥，道路以梗。永昌镇、道举兵往擒，汉民遂拒捕。二十八年，则徐督兵赴剿，途次闻赵州之弥渡有客回勾结土匪滋事，遂就近移兵剿之，破其栅，殪匪数百，并抚恤受害良民。赵州底定，保山民闻风慑服，缚犯迎师，则徐按其罪重者百数十人，立诛以徇；复乘势搜捕永昌、顺宁、云州、姚州历年拒捕戕官诸匪千余名，置诸法。
据此，知汉回仇杀，在云南历年已久。保山为汉人犯重，他处回犯正多。传言京控者为丁灿廷，据则徐奏议，则丁灿廷与杜文秀皆为迭次控辞[词]呈首。
则徐有饬提永昌京控人证耒据报解情形片，内言：“两起回民京控，钦奉谕旨，交臣等审办。其原告丁灿廷等一起，于十月十七日由部咨解到滇。又杜文秀等一起，亦于十一月初三日咨到。”
是两起京控之原告，文秀确居其一也。
则徐又有审明丁灿廷等两次京控折，内言：“十一月内，又准部文，奉旨：‘此次复据云南回民杜文秀等控告匪棍刘书等，挟嫌借端，诬控从逆，致被搜杀抢掠。迨招抚回籍后，又被杀害多命等情。’”