黄嘉善，字惟尚，号梓山，即墨城人，从小聪慧，学习勤奋努力，少年时入崂山石门西麓的上、下书院就读，饱读经史子集，精心体会治国安邦的道理，所作的文章流畅优雅，胸有韬略。成年后仪表端庄伟岸，风度儒雅，人品出众。
当时，朝廷的内阁首辅张居正，正颁行“考成法”加强吏治，改革税赋政策，将“一条鞭法”作为赋税制度推行全国。初入仕途的黄嘉善，认真落实“一条鞭法”，勘查户口重新丈量土地，使当地一些隐瞒土地、偷漏国税的富豪得到惩罚。同时，减轻了农民的负担，将叶县治理一新，很快被擢升为南直隶苏州府同知。
黄嘉善的父母先后去世，他回家守制，期满后调任山西平阳府丞。因黄嘉善过人的韬略，知府每遇难事，全靠他决策办理，时值“大同缺守，需干练者补之，众议非黄丞不可。”域内文武官员只知有黄嘉善，而不知有知府。
张居正死后，万历帝改弦更张，彻底推翻张居正的政治主张，他贪婪无度，大量攫取社会财富，不理朝政。由于朝政腐败，边防常因供给不足发生兵变，蒙古军队多次攻破长城深入山西的太原、甘肃的平凉烧杀抢掠。当时，大明国涉及国家安全的四大防御门户为宣府、大同、蓟州、辽东，是最难防守、最让朝廷头痛的重要据点，急需选择干练能臣前往镇抚，黄嘉善受命于危难之时，赴任大同知府。
初上任就遇上了兵变事件，黄嘉善了解了事情的过程后，只身单骑前赴叛军营中，当众以身说法，谕以大义，靠一身胆略和凛然正气稳定住局面，第二天将发动兵变的头目斩首，果断地平息了兵变事件。此后，黄嘉善在当地深孚众望，官吏、豪绅、百姓都十分推崇他的忠勇和大义，进一步整肃军队，巩固边防，“定藩禄，数军实，裁冗费，饬法坚正，一切治理威名流闻，虐中皆畏服之。”
黄嘉善，升山西按察使司副使兼左卫兵备，他整顿军纪，严加训练。一次，鞑靼首领集万骑，潜其寨下，窥探虚实，伺机入掠，黄嘉善侦知，命副将持酒食前去，曰：“闻大军远道而来，特备酒肉犒赏。”敌人惊知有备，酒食后散去，从此不敢轻易进犯，后黄嘉善升陕西布政司参政，仍任大同云中兵备，戍边二十年，为捍卫北部边疆作出了贡献。
黄嘉善，任宁夏巡抚兼都察院右佥都御史，赴任后，他向朝廷申请减免宁夏的田赋，使百姓安居乐业，后又整顿军纪，提高了军队战斗力，数次击退鞑靼的侵扰，保卫了边疆安宁。与大将萧如薰齐心协力，伐贺兰山木材，修建宁夏的前沿阵地临河堡。黄嘉善升都察院右副都御史，继之加兵部右侍郎，抚夏十年，功著边陲，烽火不惊，宁夏立祠祀之。
黄嘉善升都察院右佥都御史巡抚宁夏，这时正是“宁夏叛乱”之后，局面极其混乱，他采取措施稳定地方，加强边防，与大将萧如薰齐心协力，伐贺兰山木材，修建宁夏的前沿阵地临河堡。为从根本上解决军需严重不足的困难，黄嘉善组织军队屯田自养，并在地方倡导教化，激励边民发展生产，繁荣经济，靠自给自足实现富民强兵。自古即有“民生可抵百万精兵”之说，黄嘉善认为只有允许边民相互贸易，以买卖方式互通有无，蒙、汉边民的生计得以维持，才不会犯上作乱，他积极实施睦邻友好政策，开放边境市场，方便汉、蒙民族贸易，尽力避免民间冲突，促成边民和平相处，让民休养生息，有效地稳固了边境防务，在边疆他多次打击挫败鞑靼的入侵和挑衅，授黄嘉善总督陕西三边军务，统帅延绥、宁夏、甘肃三边重镇的军事。
加强边防建设，组织军队屯田，以农养兵，保证军需，他严格执行明廷的睦邻政策，通好互市，使汉蒙两族人民能和平共处。一次，敌虏潜入城下，黄嘉善登城约战，敌人见状，惧怕欲逃。黄嘉善命开城门出击，经一番搏杀，鞑靼死伤无数，黄嘉善大胜而归，此即“三边大捷”，因此升兵部尚书加太子太保，褒赠“四世一品”。鞑靼大规模进犯延绥、宁夏、甘肃三镇，黄嘉善统军斩获敌首级数千，大获全胜，这就是有名的“三边大捷”。
黄嘉善引疾归即墨，此年即墨遇大灾，黄嘉善出粟百斛、银百两赈济灾民。黄嘉善病逝，熹宗辍朝一日致哀，诰赐特进光禄大夫、上柱国太保，著有《抚夏奏议》、《总督奏议》、《大司马奏议》、《见山楼诗草》。