时拉比带领着小智一行人再度穿越时空，来到了一个有人类的村庄。
村庄内的人们似乎看不到小智一行人一般，而是在用黏土来堆积几个泥偶。
泥偶堆积好以后，人们又在其中几个泥偶身上刻上了一道道符文，同时对着另外几个人偶发出了奇怪的光线。随着一阵光芒绽放，几个泥偶开始活动起来，人们发出了欢呼声。
“那是……”小智拿出图鉴，对准几个泥偶搜索起来。
“泥偶小人，泥偶宝可梦。根据古代的科学力量由黏土制成的宝可梦。能持续活动数千年。”
“泥偶巨人，泥偶宝可梦。以音速在天空飞行。如果解开胸口的封印，能量就会失控。”
“天秤偶，土偶宝可梦。会用单脚旋转着移动。在遗迹中发现了天秤偶和人类共同生活的古代壁画。”
“念力土偶，土偶宝可梦，是天秤偶的进化形。据说是古代文明的泥人偶，照射到怪光线后，有生命附着在上面而成的。会浮在空中移动，两手还会发射光束。”
“这就是超古代的科学力量吗！”史特隆激动地说道。
时拉比带着一行人来到了一个满是石头的地方，雷吉奇卡斯正在这里拿着粘土，按着自己的模样捏着，在时拉比的时间加速下，很快他们就看到雷吉奇卡斯制造出了一个与雷吉奇卡斯有些相似的宝可梦，正是雷吉洛克。
雷吉奇卡斯将雷吉洛克留在了沙漠遗迹之后，自身就离开了。
时拉比带着小智一行人，又来到了一处冰原。
冰原上有着一只只象牙猪，小智又拿出图鉴搜索起来：“象牙猪，双牙宝可梦。从遥远的过去就存在的宝可梦，甚至在１万年前的冰层中也发现过它。”
远处，雷吉奇卡斯正在用冰制造着与自身相似的宝可梦。随着时拉比的时间加速，那只宝可梦迅速被制造了出来，正是雷吉艾斯。
雷吉奇卡斯在将雷吉艾斯留在小岛横穴后，又起身离开了。
时拉比再次带人进行时空穿越，这一次，他们来到了一处古代坟墓。
雷吉奇卡斯正在使用钢铁，制造着和自己相似的宝可梦。在时拉比的时间加速下，小智一行人看到那宝可梦迅速成型，正是雷吉斯奇鲁。
将雷吉斯奇鲁留在了这里之后，雷吉奇卡斯又离开了。
时拉比再次带领小智一行人进行时空穿越，来到了一处神殿之中。
只见雷吉奇卡斯正在这里，陷入了沉睡。
“原来雷吉洛克、雷吉艾斯和雷吉斯奇鲁都是雷吉奇卡斯创造出来的。”史特隆说道。
就在这时，时拉比又再度带着他们进行了时空穿越。
“这里是……圆朱市！”小智说道。
“那边是铃铛塔和钟之塔！”小刚指着远处的两座塔，“从样子上来看是刚建成的，也就是说，我们现在在大约七百年前左右。”
忽然，远方分别飞来两只宝可梦，正是凤王和洛奇亚。
凤王落在了铃铛塔之上，而洛奇亚则落在了钟之塔之上。
时拉比带着他们再次穿越时空，很快又来到了未来。
他们再一次来到了圆朱市，只不过，与之前不同的是，天空中乌云密布，不时有着雷电劈下。
忽然，一道雷击中了钟之塔，钟之塔迅速燃起了大火。
洛奇亚在雷电劈中钟之塔后，起身向远方飞去，离开了圆朱市。
大火烧了三天三夜，最终一场大雨倾盆而下，浇灭了大火。
然而，此刻的钟之塔已经所剩无几，有三只不知名的宝可梦在大火中被烧死。
就在这时，凤王降临，发出极为特殊的力量，将三只宝可梦再度复活了过来，变成了雷公、炎帝和水君。
凤王在救活三只宝可梦之后，就向远处飞去，同样离开了圆朱市。
“原来圆朱市的传说也是真的。”小霞说道。
时拉比又带着一行人，再一次进行时空穿越。这一次，他们又回到了阿尔宙斯沉睡之处。
阿尔宙斯依旧在沉睡着，那黑色的晶球却散发着诡异的光，让人望而生畏。
此外，一丝丝黑色的细线不知从何处汇聚而来，凝入黑色晶球之中。
那诡异的光芒逐渐扩张着，忽然间，阿尔宙斯从沉睡中惊醒，面带警惕地望着那黑色的晶球。
黑色晶球散发的光芒很快扩张到阿尔宙斯近前，阿尔宙斯发出光罩与之相抗，勉强逼退了黑色晶球的光芒。
黑色晶球发出的光芒凝聚成模糊的阿尔宙斯的样子，发出一声声怪笑。
阿尔宙斯神情凝重，身上发出一道道光芒，汇聚成囚笼一般，将黑色晶球和它所发出的诡异光芒完全封印在里面。
黑色晶球周围的诡异光芒不断冲击着那囚笼，但却并不能够撼动光束囚笼。
阿尔宙斯神情凝重，撕开一道空间裂缝，随后离开了这一处空间。
“那个是什么东西？”小智的神情前所未有的凝重起来。
“阿尔宙斯自身分出的力量，由于某种原因失去了控制，开始试图挣脱阿尔宙斯的控制？”小刚说道。
“不管怎么说，必须马上回去，商量对策。”小建说道。
“时拉比，拜托你了，先将我们送回去吧。”丹特说道。
时拉比绕着他们转了一圈，随后又带着他们进行了时空穿越。
……
关都地区的某一处，火箭队的总部中，坂木正罕见的站着，而真鸟则站在他身旁，火箭队三人组正站在他们后方。
在他们的前面，是一个巨大的屏幕，上面正播放着小智一行人所经历的一幕幕。
“这次没能够借助时拉比的力量返回过去，不过却意外地通过时拉比了解了一些事情。看来在时拉比身上安装微型摄像机还是正确的选择。”坂木眼神中阴晴不定，许久后，才继续说道，“如果连整个世界都不复存在的话，那么就更谈不上征服世界了。”
“坂木老大，您的意思是？”武藏问道。
“你们的下一个目标，是合众地区。”坂木转过身来，说道，“合众地区传说中的巨龙，是拥有着强大力量的宝可梦。只要莱希拉姆和捷克罗姆与酋雷姆融合，就会再度成为合众地区传说中的巨龙。只要拥有了它们，我们也就多了一些筹码。捕获莱希拉姆、捷克罗姆和酋雷姆的任务，就交给你们了。”
“是，坂木老大。”火箭队三人组恭敬地说道，随后转身向着火箭队总部外走去。
“阿尔宙斯么？最原始的强大力量在负面情绪的感染下，被邪恶气息所控制，拥有了自己的灵智？”坂木冷笑着，“虽然想要利用这股力量并不容易，但是一旦成功……嘿嘿嘿……”