接下来，我们再来看普京上任后加强行政体制方面最重要的措施，就是加强了对地方行政长官的控制。普京上任的时候有89个联邦主体，合并之后还剩86个。各个联邦主体权力很大，1996年的时候，叶利钦说过一句话：“各个联邦主体需要多少主权就拿走多少主权。”从此各联邦主体就不再听命于中央，有自己的宪法、法律，甚至有自己的货币体系，使俄罗斯联邦处于一个分裂的状态。
普京上任的时候做过一个统计，各个联邦主体的宪法、法律、法规有2/3的内容和联邦中央的宪法、法律相违背或相矛盾，也就是说整个国家没有一个统一的法律体系。地方法规可以违背中央的法律，甚至还有像车臣那样要搞武装独立的。可以说，普京上台的时候这个国家正处在分裂的边缘。
叶利钦时期，地方行政权力太大，地方行政长官是老百姓直选产生的，所以地方行政长官直接对本区人民负责，中央拿他没办法。甚至于出现过这么一个状况：当时中俄之间已经签署了东段边界协定，规定双方1997年之前要把勘界工作完成，但是当时俄罗斯滨海边疆区行政长官纳兹德拉坚科拒不执行中央的决策，也就是说联邦中央的外交决策地方行政长官都可以抵御。这么一个国家怎么能说它是一个统一的国家？叶利钦拿他没办法，就把他调到莫斯科的渔业委员会当主席，然后又重新选了一个地方行政长官，这才解决了中俄边界的勘界问题。
普京一上台就采取了一系列的措施进行整顿。首先，普京建立了七个联邦区，分管若干个联邦主体。每个联邦区派一名总统全权代表，直接对总统负责，负责监督各联邦主体是否执行联邦中央的决策。其次，规定地方议会必须在一年半的时间内，将所有和中央宪法法律相违背的地方性法律法规全部修改掉，保证法律体系的一体化。这还是没有解决问题，因为地方行政长官和地方议会的议长同时又是俄罗斯议会上院的议员，所以凡是涉及地方利益的法律法规到上院那里就给堵住了。俄罗斯的法律是这样的：下院讨论通过、上院批准。后来，普京就下令，上院的议员由地方行政长官推举、地方议会批准，每个联邦主体推举两个人来出任上院议员。这些人不再担任行政职务，也不在当地担任议长。这在一定程度上缓解了既是运动员又是裁判员这么一个瓶颈问题。但是，几个月下来，普京发现还是不能解决地方行政长官尾大不掉的问题。
后来，普京又对地方行政长官的任命作了一些改动，规定联邦中央总统有权免去地方行政长官的职务，但是必须拿出足够的理由经国家杜马批准。这样一来，地方行政长官多多少少听一些总统的命令了。2006年又规定：地方行政长官不再由当地民众直接选举产生，而是由联邦总统提名，经当地议会批准，如果当地议会两次不予批准，总统有权解散地方议会。通过这些改革，总统就把地方行政长官的任命权控制在手里了。普京控制地方行政长官的能力极大提高，这也是中央集权最重要的体现。所以我认为，目前俄罗斯是一个形式上的联邦制、实际上的单一制的国家。
我们再来看看议会。普京是怎么控制议会的呢？他主要是通过实现政党的重新组合来加大对议会的控制。他修改了两大法律，一个是《政党法》，一个是《选举法》。
修改《政党法》就是不断提高政党的门槛，2003年和2005年两次修改《政党法》。在第一次修改之前，俄罗斯的政党有154个，各种各样名目的都有，甚至还有叫做啤酒党的政党。第一次《政党法》的修改规定：政党必须有1万人以上，必须在一半以上的联邦主体设有支部，每个支部的人数不得少于100人。经过调整，政党数目从154个一下子就减少了一半以上。2005年再次提高政党的门槛：政党必须有5万人以上，必须在一半以上的联邦主体设有支部，而且每个支部的人数不得少于500人。经过重新登记注册后，就剩下十几个政党了。