肝脏疾病，如肝硬化伴门脉高压时，胃肠黏膜淤血、水肿，胃酸分泌不足，会改变小肠黏膜的吸收功能，使药物的吸收出现异常。此外，肝功能不全时胆汁的形成或排泄障碍，使脂肪不能形成微粒而发生脂肪泻。脂肪泻则导致无机盐（铁、钙）及维生素（叶酸、维生素B ₁₂、维生素A、维生素D及维生素K）及一些脂溶性高的药物（如地高辛）吸收障碍，但对水溶性药物无明显影响。

药物在体内的分布主要通过与血浆蛋白结合而转运。慢性肝功能不全，尤其严重肝功能不全时，一方面肝脏蛋白合成减少，另一方面血浆中内源性抑制物，如脂肪酸、尿素及胆红素等蓄积，使药物与血浆蛋白结合率降低，血浆中游离型药物明显增加；同时游离型药物的增加又使药物的组织分布范围扩大，半衰期延长。如肝硬化时，甲苯磺丁脲的游离型可增加115%、苯妥英钠可增加40%、奎尼丁可增加300%、保泰松增加400%，若不调整给药方案，则易导致药物在体内蓄积，出现毒副作用。

肝脏是药物代谢最重要的器官。肝脏疾病时，肝实质细胞受损可致多种药酶的活性明显下降，药物半衰期延长。但肝脏疾病对肝内不同药物转化反应的影响是不同的，如苯二氮 类药物中，地西泮及氯氮 的转化是氧化反应，而奥沙西泮则是葡萄糖醛酸结合反应。前两者的消除可受肝硬化及肝炎等疾病的影响，而后者则不受肝脏疾病影响。所以慢性肝病必须应用此类药物时，应首选奥沙西泮。有些药物须先经肝药酶催化的反应活化后才能发挥作用，如可的松和泼尼松均须先经肝脏分别转化为氢化可的松和泼尼松龙，才能起效。故肝功能不全时，宜直接选用氢化可的松和泼尼松龙。肝硬化时门脉高压和侧支循环建立，会使肝脏对一些药物的首关消除受阻，从而增加了它们的生物利用度，使血药浓度增高。已知肝脏对哌唑嗪、普萘洛尔、吗啡、盐酸、利多卡因、异丙肾上腺素、氯丙嗪等有很强的首关消除作用，因此对于肝功能不全患者，应根据肝功能损害的程度以及药动学特点调整药物剂量。

肝脏疾病可影响一些药物经胆汁的排泄，如地高辛在健康者7天内的胆汁排出量为给药量的30%，而在肝病患者可减至8%。肝功能减退时胆汁排出减少的药物有：螺内酯、四环素、红霉素、利福平及甾体激素等。但有资料表明在肝衰竭时，肝外器官如肾、肠道等对丙泊酚的清除呈显著的代偿性增强，从而使丙泊酚的清除率增加，可能不会出现药物蓄积和作用时间延长。