从临床表现上应注意与其他原因的食管炎（如真菌性食管炎、嗜酸性细胞性食管炎、药物腐蚀性食管炎等）、食管肿瘤、食管憩室、食管动力性疾病（如贲门失弛缓症）以及溃疡病、各种原因的消化不良、胆道疾病等相鉴别。表现为胸痛症状者应注意与心源性胸痛及其他原因的胸痛相鉴别。表现有咳嗽、哮喘、咽炎等食管外症状的胃食管反流病患者应注意与原发的呼吸道疾病鉴别。