难治性胃食管反流病是指服用标准剂量质子泵抑制剂每天2次，治疗持续8周至12周，症状改善程度小于50%。糜烂性食管炎经8～12周的质子泵抑制剂治疗后，大都已经愈合，故难治性胃食管反流病多为非糜烂性反流病（NERD）。症状的改善程度受主观因素影响较大，如患者对治疗的期望值、社会因素、文化背景等。当患者自觉治疗后的症状仍对生活质量有较明显影响时即可认为治疗效果不佳。

对于考虑难治性胃食管反流病的患者，应考虑重新评估诊断。推荐进行内镜检查，目的是明确有无其他非胃食管反流病的病因导致烧心、反流症状；如仍不能明确诊断应考虑行动态食管反流监测，如食管pH值监测或阻抗-pH值监测，以确定胃食管反流病的诊断。