妊娠期的胃食管反流病患者应尽量避免用药。但如果有临床指征，服用质子泵抑制剂一般是安全的。各种质子泵抑制剂的FDA妊娠期分级如下：奥美拉唑为C级（有明确应用指征时，充分权衡利弊决定是否使用），埃索美拉唑、雷贝拉唑、泮托拉唑、兰索拉唑均为B级（有明确指征时谨慎使用）。

质子泵抑制剂多可分泌至乳汁，故哺乳期妇女如需服用应暂停哺乳。

质子泵抑制剂在儿童的用药经验不足，如非必要不推荐儿童使用。