慢性咽炎的发病原因比较复杂，它由多种因素长期相互作用而致病，这些因素包括：感染、物理化学性刺激、气候因素、不良生活习惯、过敏及免疫功能降低等。

化学气体如氯、一氧化氮、二氧化硫等烟雾，对咽部黏膜有刺激作用。空气中的烟尘或二氧化硫含量过高时，慢性咽炎的发作就显著增多。其他粉尘如二氧化硅、烟雾、棉屑等也刺激咽部黏膜，沙尘、雾霾、汽车尾气浓度过高、空气中的植物花絮、毛絮等，均可引起咽部黏膜水肿、淋巴滤泡增生、肿胀，诱发或加重慢性咽炎。

上呼吸道感染是慢性咽炎发病和加剧的另一个重要因素。据国内外研究，肺炎链球菌、流感嗜血杆菌等可能为慢性咽炎急性发作的最主要病原菌。鼻病毒、乙型流感病毒、副流感病毒、黏液病毒、腺病毒、呼吸道合胞病毒等感染，亦与慢性咽炎急性发作和加重有着直接关系。

现今公认吸烟为慢性咽炎最主要的发病因素，吸烟能刺激上呼吸道及咽部黏膜，降低局部抵抗力，使咽部黏膜充血、水肿，淋巴滤泡增生，而产生或加重咽部的不适感。

患有慢性鼻炎、鼻窦炎、腺样体肥大等，由于长期鼻塞，张口呼吸，或鼻涕倒流刺激咽部，或患有慢性扁桃体炎、牙周炎、龋齿等，均可引起慢性咽炎。少数颈椎病也会引起慢性咽炎，颈椎骨质增生后，压迫神经，也可能直接或间接刺激咽部而引起发炎症状。

许多慢性病可导致慢性咽炎，如贫血、心血管病、消化道疾病、慢性支气管炎、支气管哮喘、便秘、内分泌紊乱、糖尿病、免疫功能低下、维生素缺乏等，此类人群发病明显高于正常人群。经常食管反流，倒灌进咽部的胃酸也会导致慢性咽炎。

过敏因素与慢性咽炎的发病有一定关系，有些患过敏性疾病的患者，对外界的致敏刺激尤为敏感，如对一些特殊气味、物质、甚至温度的变化都十分敏感，而出现咽痒、咳嗽等症状。尤其是患有过敏性鼻炎或过敏性鼻炎伴哮喘的患者，多伴有慢性咽炎。

讲话或用嗓过多，如教师、播音员、营业员、推销员等，慢性咽炎的发病率较高。