肾病综合征有多种致病因素，包括免疫、环境、遗传等，其中免疫因素是主要的致病因素，包括体液免疫、细胞免疫、肾脏固有细胞参与的免疫等。

肾病综合征的主要临床表现有蛋白尿、低蛋白血症、水肿、和高脂血症等，发病机制分述如下。

蛋白尿产生的主要原因是电荷屏障、滤过屏障的受损。肾小管上皮细胞重吸收原尿中的蛋白并对之进行分解的能力减弱，也是蛋白尿形成原因之一。蛋白尿的量受血浆蛋白浓度和肾小球滤过率等因素的影响。血浆白蛋白严重降低时，尿蛋白的排出量减少；反之，若持续静脉输注蛋白制品时，尿蛋白的排出量可出现一过性的增加。近年研究发现足细胞的损伤在蛋白尿的发病中起主要作用，包括足细胞足突融合、裂孔隔膜中断和足细胞数量相对或绝对减少。成人特发性膜性肾病认为是由于足细胞的某些成分如内肽酶、M型磷脂酶A2受体与相应的自身抗体沉积足细胞下，激活补体引起损害。

肾病综合征患者的低蛋白血症程度相差很大，除了尿蛋白的丢失，可能与营养摄入、肝脏功能及其他激素代谢情况等相关。目前认为，导致低蛋白血症的主要原因是尿蛋白的丢失，但与肾病综合征有相同蛋白丢失量的腹膜透析患者，其血清白蛋白水平明显高于肾病综合征患者。可能的解释是由于肾小球过滤后的白蛋白很大一部分在近曲小管被降解，从而导致了更大程度的白蛋白损失。本病发生时，肝脏合成蛋白的能力有明显增加，但如果饮食未能提供充分蛋白质摄入，该能力不可能达到最大程度。

一般认为血浆蛋白浓度及胶体渗透压降低，血管内的水分和电解质漏到组织间隙，从而血容量减少，刺激了容量感受器和压力感受器，激活肾素-血管紧张素-醛固酮系统以及抗利尿激素分泌增加等因素，使肾脏对钠、水重吸收增加，导致了水肿的形成。

肾病综合征患者血浆胆固醇、甘油三酯和磷脂均明显增加，低密度及极低密度脂蛋白浓度增加。发生机制有多种解释：①由于低白蛋白血症，导致肝脏合成极低密度脂蛋白（VLDL）增加，且周围组织对脂蛋白的分解及（或）利用减少；②由于尿中丢失白蛋白及其他调节因子导致胆固醇代谢紊乱。高脂血症是肾病综合征患者动脉硬化并发症较多的原因，并与形成血栓及进行性肾小球硬化有关。

原发性肾病综合征病理类型有多种，以微小病变肾病、膜性肾病、局灶节段性肾小球硬化、系膜增生性肾小球肾炎、系膜毛细血管性肾小球肾炎最为常见。继发性肾病综合征包括过敏性紫癜性肾炎、乙型肝炎病毒相关性肾炎、系统性红斑狼疮性肾炎、糖尿病肾病、肾淀粉样变性等。

肾病综合征多归属“水肿”病证。中医认为本病多由素体禀赋不足、体虚感邪、风寒湿热外袭、湿毒浸淫；或饮食不节、劳倦太过、情志失调等引起，诱发肺脾肾三脏虚损，而致气血阴阳不足、水液输布紊乱、湿浊停聚、阴精亏耗、精微外泄。

现代中医学者多认为外邪侵袭是本病的主要诱因，外感之邪伤及脏腑，以致肺、脾、肾功能失调，导致水液代谢紊乱。如风邪外袭，肺失通调；湿毒浸淫，脾气受困；湿热内盛，三焦壅滞等。多数患者常因外感而使本病反复或加重。脏腑虚损是本病的重要病理基础，其中以脾肾虚弱较常见。因饮食失调，劳倦太过，伤及脾胃；或生育不节，房劳过度，肾精亏耗。脾虚而后天之本不充，日久及肾，肾虚温煦滋养失职，必使脾气匮乏，两者常相互为患，不能截然分开。无论外邪伤及脏腑或脏腑本身虚损，均可致肺、脾、肾三脏功能障碍，水液代谢失司，发生“水肿”。