贲门失弛缓症临床并不多见，现有报道提示其发病率在每年0.03/10万～1.63/10万。本病男女发病率相似，所有年龄段均可罹患，但有少数研究认为30岁和60岁左右是本病发病的两个高峰，也有研究认为随着年龄的增长，本病的发病风险增加。在美国，贲门失弛缓症的入院治疗率是随着年龄而增加的，从0.25/10万（18岁以内）增加到37/10万（85岁以上）。