拿破仑在雅法围攻战中，自称法军死了200人，但是很不幸，他肯定死了至少有3000多人。谎报军情对拿破仑来说，已经成为一种习惯了，因为当时的将军为了隐瞒自己的战损来避免被降职或者军心不稳，一般都会谎报军情，这种现象并不罕见。
这次的问题在于，拿破仑过于靠前了，而且有点孤立无援。我们之前说过，他的海军没了（详见三十八章至四十章）。
拿破仑在雅法之战中大开杀戒，杀了无数人。但是，什么事都会有报应的，善有善报，恶有恶报。但是，这次的报应来得很快。因为军队的屠城，法军染上了瘟疫。
我们之前说过，中东是非洲、欧洲、亚洲三大洲的汇合点，就是一个世界级的交通枢纽。各种部落、国家、帝国的商人和使者以及移民穿梭往来，各种国家的人在这里汇合。中东连接着地中海、整个欧洲和北非通往东方的道路，简直就是交通要道。人在这里交流并汇集，各种病毒和疾病也在这里汇集。
拿破仑的军队在强暴并劫掠雅玛居民后，染上了他们的瘟疫。具体什么病，史料没有记载，而且就算是当时的医生也不是很清楚。但是呢，军医的报告称这种病致死率高达92%，而且只要染上就会出现非常严重症状，就类似于判死刑了。
其中，一个叫阿克莱贝尔的法军是个老兵，他在自己的日记中写道：洗假发之后有士兵染上瘟疫，他们的腹股沟和腋窝就会出现大量的黑色肿块（有人画了一张这种病人的写真图，没给我看吐……）。
根据后人的分析，这种病的很有可能是属于黑死病中很严重的一种，而且这种病在中东很流行。
当时欧洲最为严重病就是鼠疫（即黑死病）了，因为鼠疫既没有疫苗也没有什么特效药，而且传染力和致死率极高，种类也很繁多。因此军队的卫生和隔离很重要，避免人传人。
拿破仑立马就把雅法城海边的亚美尼亚修道医院改成了传染病医院。到了3月11号，疫情急剧恶化，拿破仑与德格热内特军医生一起前往医院查看疫情。德格热内特医生后来回忆到说：“当元帅（拿破仑）抱走了一个躺在门口的瘟疫患者时，我吓了一大跳。患者的意识已经不清楚了，他的腋下和腹股沟里黑色的肿块一层叠着一层，而身上全是白沫和脓水。”拿破仑这次是去安慰人心的，他是去振奋士气的，所以他必须这么做。
1804年，画家安托万·让·格罗创造了一幅不朽名画，就叫做“波拿巴探访雅法传染病医院”。拿破仑后来说：“身为司令官，我认为有义务去跟病人谈心，去给他们信心，并鼓励他们，让他们振作起来，相信自己可以活下来。”为了鼓舞士气，拿破仑甚至说他自己也染上了瘟疫，但是很快康复了。当然，这应该只是拿破仑弄错了，因为瘟疫无论是病情还是传染力都非常严重，而他可能只是染上普通的疾病，所以很快就康复了。
到3月14号，拿破仑离开了雅法，向阿克进军。次日，英国皇家海军巡洋舰“忒修斯号”和“老虎号”也到了阿克。英国海军准将：西德尼·史密斯爵士和阿克的守将谈判，达成了英国和奥斯曼土耳其结盟抵抗法国人的协议。但是，除了逐退法国侵略军的渴望意外，英国和土耳其达成的联盟几乎没有任何共同目的，他们就是为了拿破仑而组织起来的。可是这一联盟已经足以阻止拿破仑拿下阿克。
1104年的时候，当时十字军领袖：耶路撒冷国王鲍德温一世攻下了阿克，他后来在阿克修了八英尺厚的城墙。但是近七个世纪以来，中东地区逐渐没落，阿克的城防已经破败不堪，但是还是很厚，而且外面有一条很深的护城河。而且阿克的港口守军极其富足，包括了非常多人，比如说：4000名阿富汗人、阿尔巴尼亚人和摩尔人组建的土耳其军队和2000人的英国皇家海军水手。
三天后，法国海军将军：皮埃尔·让·兹特德莱用埃及仅有的海军舰队来为拿破仑运送重型火炮以来攻城，但是英国皇家海军的“狮子号”发现了他们，并通过登甲板作战的方式活捉了法军运输舰，这导致了拿破仑最重要的攻城武器竟然被送到了对手的手里。
3月17号中午，拿破仑开始下令围攻阿克。他率领法军在300码外围着阿克城池修建各种工事：挖战壕、建路卡、筑胸腔、造炮台……他准备用自己的轻型火炮攻城。没办法，重型火炮全被送进看城里去了。拿破仑的司令部聚在阿克1500码的山坡上，十分有利的地势，但是他的部队再一次爆发了瘟疫。这使得拿破仑不得不僵在了阿克城外。
1799年5月20号，拿破仑的法军开始悄悄撤兵了，拿破仑放弃了战线。撤退的持续时间定在晚上八点到11点，以防英国海军乘他们沿着海滩行军的时候向他们开火。法军还被迫钉死了无法运走的23门加农炮。撤退过程中，拿破仑站在一座小山上，看着自己的部队离去，直到后卫开始撤退了，拿破仑才随着离开。
这实际上算是拿破仑首次遭受了严重的决策性失败。他一边要防止着追兵，一边要慢慢地前进。但是这时候有一个问题：当时的瘟疫还在肆虐，很多人无法返回开罗。因为疾病会传染，所以也没法让他们登船。此时的情况非常惨烈，拿破仑必须决定要怎么做。
他静静地想了一会儿，说道：“给那些患者服用大剂量毒品，以实行安乐死。”
听了这句话，马尔蒙将军几乎跳了起来：“这不可以！司令！他们也是人命啊！”
军医则站在拿破仑这一边：“这是没办法的，马尔蒙阁下。我们也不希望这么做，但是我们既不能待在这儿守着这些患者，也不能带着他们回到埃及——这只会让埃及也陷入瘟疫之中。”
马尔蒙喘着粗气，以一种似乎是在喃喃自语的声音说道：“可是……可是埃及的治疗条件和卫生环境比这里棒，只要做好防护措施，我们可以带他们回埃及，我们可以治好他们的！”
“出了事情谁负责！”拿破仑突然咆哮道，一拍桌子站了起来。他也很痛苦，甚至比马尔蒙更痛苦。这些患者都是法军中最棒的小伙子，他们很爱戴拿破仑，既是身患重病、奄奄一息了，也在拿破仑探望他们时低声呼喊到“拿破仑万岁！”但是他没有选择，当时的医疗条件极其不好，埃及也是一样。他守着这些患者是在等死，他带患者回到埃及可能是所有人一起死。
拿破仑喘着粗气，双手支撑着桌子，低着头断断续续地说道：“如果……我是说如果……我的儿子欧仁……如果他也患上了瘟疫……我……我也会毫不犹豫地下令毒死他的……”
一旁的欧仁打破了沉痛的气氛：“爸，我还在这儿呢……”
军医：“……”
马尔蒙：“……”
其他军官：“……”
拿破仑：“咳咳咳……啊，好，就这么定了，啊，散了散了散了！”
安乐死究竟死了多少人？有人说，50人。也有人说，十几人。还有说100人的。但是这个事也成了当时其他敌对国宣传人员污蔑拿破仑的一个证据，因为他们可以说拿破仑害死了几百甚至几千人，谁知道呢？
就在这种情况下，拿破仑放弃了自己的伟大计划，开始踏上返回埃及的路。
败者食尘……