现在还没有明确确定肾囊肿原因，但和以下一些因素有关：

遗传因素是引发肾囊肿的一个重要因素，对肾囊肿而言，主要可导致髓质海绵肾、发育不良性多囊肾病等，先天发育不正常的多囊肾病患者的基因通常没有不正常，因而它与基因遗传或基因突变是有不同的。

基因突变不属于先天发育不良性多囊肾病，是在后天中由于各种因素引起的基因变化所导致的。在胚胎形成进程中，因为各类因素的作用，使基因发生了突变形成了多囊肾病，此种状况尽管不很常见，但还是可以发生的，因而，有些多囊肾患者可以没有父母遗传史。

感染是引发肾囊肿的重要因素，可使囊肿的内部因素活性加强，这样便可推进囊肿的生成、长大；而身体任何位置的任何感染，又会经由血液进入肾脏进而影响囊肿，如囊肿发生感染，则除了使临床症状加剧外，还可能促使囊肿在进一步加快成长速度，并使肾功能损害不断加重等。

毒素作用于人身体，可以使各类细胞器官组织产生损伤，进而发生疾患，乃至危及生命，并且亦是产生基因突变、先天发育不正常等状况的主要原因之一。常见的毒素有诸如农药、某些化学药剂、放射线、污染等。特别需要提出，某些药品也存在肾毒性，若使用不当则易导致肾损害。

可见，肾囊肿的原因可分为两大类，一类是先天因素，另一类是后天因素，所谓先天性因素是由基因不良引起的，而后天因素多为外界环境造成的，因此，要想预防多囊肾，需要从先天和后天两个方面来预防。