作为基础平台，封闭架构带来不兼容性，无法支持异构虚拟机系统。随着云计算的发展，虚拟化管理平台逐步走向开放架构，多家供应商的虚拟机可在开放平台架构下共存，用户可基于开放平台架构不断丰富云应用。

公有云安全性得不到解决，就难以推进机构IT架构向公有云模式转变。公有云场景中需提供VPN等技术，将机构IT架构变为叠加在公有云之上的私有云，在享受公有云服务便利性的同时保证私有数据的安全性。

桌面虚拟化连接协议有VMware PCoIP、Citrix ICA和微软RDP以及方物软件FAP。多种连接协议对公有桌面云带来终端兼容的复杂化，终端需要支持多种虚拟化客户端软件。嵌入式的云终端限制了用户采购的选择性和替代性，桌面连接协议标准化后将解决终端和云平台之间的兼容性问题。

虚拟化缺少硬件的辅助以支持2D/3D/视频/Flash等富媒体，因此桌面虚拟化和应用虚拟化技术与富媒体用户体验与传统PC终端相比有一定差距。随着虚拟化技术的成熟，终端芯片逐步加强对虚拟化的支持，通过硬件辅助处理提升富媒体的用户体验。如果掌上电脑（personal digital assistant，PDA）和智能手机等移动终端设备具有硬件辅助支持虚拟化指令，将会在很大程度上促进虚拟化技术在移动终端的应用。