（五）社会公益类非营利性科研机构时期（2000年至今）

2000年，国务院办公厅下发《国务院办公厅转发科技部等部门关于深化科研机构管理体制改革实施意见的通知》和《国务院办公厅转发科技部等部门关于非营利性科研机构管理的若干意见（试行）的通知》，南科院被确定为全国社会公益类科研机构科技管理体制改革试点单位。2001年，水利部南京水文水资源研究所成建制并入。2002年和2009年，水利部农村电气化研究所和水利部南京水利水文自动化研究所先后划归南科院管理。2009年9月中央编办批复南科院更名为“水利部交通运输部国家能源局南京水利科学研究院”。

2001年成建制并入的“水利部水文水资源研究所”，源自1977年水利电力部恢复重建的水利电力部南京水文研究所，恢复重建的直接原因是1975年8月淮河特大洪水导致板桥、石漫滩两座大型水库垮坝造成巨大损失，同时也是因为当时的水文基础研究已不能满足水文工作需要。当时水利电力部明确该所的任务：“密切结合当前生产建设中的重大技术问题。同时，要加强水文基础理论研究”。20世纪70年代末到80年代初我国水资源问题日趋突出，为适应经济建设和改革开放的需要，1985年经水利部批准更名为“水利部南京水文水资源研究所”，明确今后的科研任务：“由面向工程水文计算转变为面向整个水文水资源，并落实承担水文测验科研任务，为整个社会发展服务”。1986年，被定位为社会公益型研究所。30余年来，在暴雨洪水形成和水旱灾害发生发展规律、水文循环大气过程、洪水预报与调度、防洪决策支持系统、水资源系统分析合理配置及运行管理和新技术应用研究等方面具有明显特色和重要影响，在国内具有较高的学术地位。近年来，面向国家和行业发展需求，重点发展了水文学理论与方法等传统专业方向，保持了水文科学与防洪抗旱减灾等领域的传统研究优势和领先地位；扩大了水资源可持续与高效利用、水资源配置与管理、地下水合理开发利用、水环境与水生态、水利信息化等方向的研究优势；拓展了气候变化影响及对策、国际河流、实验水文等研究方向。

2002年1月划归管理的水利部农村电气化研究所（亚太地区小水电研究培训中心），源自1980年11月水电部批准建立的国际小水电研究培训中心（又称水电部小水电开发设计研究所）。依托该所建立的亚太地区小水电研究培训中心是我国政府和联合国开发署（UNDP）及联合国工业发展组织（UNIDO）合作成立的国际区域性组织，是亚洲及太平洋地区及全球范围内的小水电研究、培训、信息及咨询机构，是我国小水电对外合作的窗口。主要开展农村水电行业管理的政策法规研究、农村水电行业发展规划编制、农村水电行业技术标准研究、小水电技术研究和工程质量检测，为发展中国家提供小水电技术培训和援助。水利部农村水电工程技术研究中心、可再生能源及农村电气化浙江国际科技合作基地、小水电专业技术性期刊中文《小水电》和英文《SHP News》编辑部、中国水力发电工程学会小水电专委会和中国水利学会水力发电专委会均设在该所。

2009年划归管理的水利部南京水利水文自动化研究所，前身是创建于1940年的中央水利实验处南京水工仪器实验室，是我国最早成立的水利水文科学研究机构，建国后更名为南京水文仪器研究室，1981年重新组建，是目前我国唯一从事水利信息化和水利自动化技术研究的专业研究所。创建以来，虽历经多次变迁，但始终坚持水利水文基础技术研究，始终坚持为水利防灾减灾、为国家公共安全服务。主要开展水利防灾减灾关键技术和装备研究，水文仪器、岩土工程仪器、水利水文自动化系统设备研发和检验测试技术研究，水文计量、测验标准研究，水利水文（水环境、水生态）监测预报技术研究，水文援外，水利信息化技术和水文技能培训。

2007年，经水利部批准，依托南科院成立水利部应对气候变化研究中心，主要开展水利部和国家有关部门应对气候变化对水科学和水工程影响科学研究、重大问题论证、技术咨询和服务。承担了多项气候变化方面国家重大科技研究，参与中国和相关国家、国际组织机构气候变化合作谈判，参与编写中国国家应对气候变化白皮书、国家气候变化影响评价报告、国家应对气候变化总体战略报告和规划。水利部应对气候变化研究中心通过举办气候变化与水问题国际学术研讨会、第四届长江论坛气候变化分论坛等学术活动，扩大了我国应对气候变化研究国际影响。

2011年，经水利部批准，依托南科院成立水利部水闸安全管理中心。主要开展全国水闸基础数据库信息系统开发建设，病险水闸安全鉴定核查，水闸安全管理法规与标准拟订，水闸工程应急管理，病险水闸检测、鉴定和评估等工作。

2013年，南科院成立了生态环境研究中心和农村水利科学研究推广中心，主要开展流域、湖泊、河流水环境水生态相关问题研究和农田水利、水土保持、农业面源污染等领域的基础理论和应用技术研究。

2013年，南科院组建了海洋资源利用研究中心，主要开展河口海岸滩涂综合利用开发、港口工程、海水淡化及电厂取水工程、人工岛建设、跨海桥梁与隧道、海底管线工程、人工沙滩及其他涉海工程的科学研究。

2000年以来，南科院深化科技体制改革、学科和各项事业发展最为迅速。2004年，南科院制订了《院学科建设与学术发展规划》，规划确定的战略目标：“致力于水利水电水运领域的科学发现与技术创新，通过科学研究、科技咨询、技术转移、人才培养，服务于国家经济建设和社会可持续发展，努力为我国资源环境、水利、交通、能源行业的科技进步不断做出基础性、战略性、前瞻性的重大创新贡献”。战略定位：“成为水利水电水运行业完成国家重大涉水科研任务的龙头和纽带；成为国际上同行关注的国家水利科学研究院；成为国家水利水电水运建设事业的‘外脑’和‘思想库’；成为水利共性关键技术的源头，引导水利科技潮流”。学科发展布局：“继续巩固和保持河流海岸、泥沙、水工水力学、岩土工程、水工新材料等学科的传统优势，强化和加速水利水电工程和水文水资源学科的建设，扶持和形成流域生态环境、高新技术应用等新的学科增长点，形成干湿结合、软新并重、结构合理、优势突出的水利学科群”，确定了水文水资源、水工水力学、河流海岸、岩土工程、材料结构、大坝安全与管理、水利部农村电气化等7个研究所的37个主要研究方向。2009年，南科院制订了《国家水利科技创新（南方）基地建设与科研基础设施建设规划》，规划包括《学科建设实施方案与科研人才发展规划》和《科技创新平台建设规划》两部分。《学科建设实施方案与科研人才发展规划》明确了2008—2020年院学科发展“三步走”的发展战略，确定了学科发展的总体目标：“紧紧围绕水利交通能源的行业需求，在保持传统学科优势的同时，面向国际发展前沿，根据国家发展需求，加快培育新实验水文学、气候变化影响及应对、城市水力学、农村水利、生态水文等新的优势学科；加强基础科学和应用基础研究，积极开拓国内外科技市场，保持我院科研和科技开发的平稳快速发展；加强国家级科技平台和科研基础建设，提升科技创新能力；加强人才队伍建设和引进力度，争取高层次人才培养取得新突破；促进院所和谐，营造更加良好的科研环境，为将我院建设成为国际有重要影响、国内一流的国家级综合性行业科研机构而努力”，将原有37个研究方向整合成35个研究方向，并拟定拓展16个新方向，总研究方向达51个。

截至2014年年底，经调整拓展，南科院已拥有50多个研究方向，涉及地球科学、力学、材料科学、能源科学技术、土木建筑工程、水利工程、交通运输工程、环境科学技术等多个一级学科。主要包括：水文学理论与方法，防洪抗旱与减灾，水资源可持续利用，水资源配置与管理，水环境与水生态，水利信息化，应对气候变化，国际河流，实验水文；水动力学基本理论，通航水力学，枢纽水力学，高坝水力学，防洪水力学，渗流水力学，城市水力学，核技术应用；泥沙运动基本理论，河流动力学与内河航道整治，河口海岸动力学，港口和近海工程，试验水力学及模拟技术，河流海岸生态环境；岩土力学基本理论与试验方法，土与结构物相互作用，高土石坝筑坝技术，地基处理与加固，岩土工程安全监测与除险，环境岩土工程，地质与地震灾害成因分析与防治；水工结构耐久性，水工建筑物检测、病害评估和修复，高性能水工新材料，生态型环境友好材料与废渣综合利用，水工结构工程仿真与优化，水工结构灾变机理和防控；大坝安全与管理政策、法规及标准化，大坝安全评价与病险诊断，大坝风险分析与应急管理，大坝安全监测，信息技术与应用，农村水电管理政策法规和规划编制，农村水电技术标准研究，农村水电及电气化技术与管理，小水电工程质量检测，小水电技术培训；水利、水文、岩土工程自动化仪器设备研制与开发，水文水资源信息采集与传输技术，水资源监控与调度，节水与灌区信息化，水利水电工程安全监测，水利水文自动化系统集成；农田水利，水土保持；海洋资源开发利用，海域和海岛使用论证等。