（一）南京（院本部）科研及科技创新基地

南京（院本部）科研及科技创新基地包括南京市广州路223号及225号、虎踞关34号等工作区，是水文水资源、水工水力学、河流海岸、岩土工程、材料结构、大坝安全与管理等6个研究所和水利部大坝安全管理中心、水利部应对气候变化研究中心的办公和研究场所。南京（院本部）科研及科技创新基地始建于1935年，中央水工试验所建所时设在南京清凉山南麓，占地23亩，建立试验大厅，负责水利科学试验研究工作。截至1949年，中央水利实验处在南京全部场地面积约有52.3亩。1950年南实处水工试验大厅建成，为承接工程模型实验创造了条件，土工、材料试验设备也大为改善，初步具备了大量承接试验研究的能力。1957年在南京虎踞关征地116.5亩。1957—1976年期间，陆续兴建了虎踞关的水槽试验厅、河道试验厅、潮汐河口模型试验厅、港口模型试验厅、放射性同位素试验室、土材试验大楼、技术情报室和图书馆，广州路兴建了渗流试验室、船闸试验棚、水工试验棚、水洞和减压箱试验室等。1977—1984年期间，建成了高速水流试验室、不规则波港池试验厅、内河航道试验棚、水利枢纽泥沙试验厅、结构试验楼、土工试验楼、土工模型试验厅、大三轴实验室、电子计算机楼，扩建了图书馆。1986年院机关综合楼兴建，1989年竣工投入使用。2008年，广州路225号的水资源科学研究实验室建成投入使用。2010—2013年，图书资料馆改扩建工程、河流海岸实验室改扩建工程、材料结构实验室改扩建工程、岩土工程实验中心加固改造工程、波浪基础研究水槽建设等基础设施相继建成。