目前肺功能室在不同的医院其组织架构设置有所不同，有些检查室设置在呼吸科，有些检查室设置在功能检查科，两者各有利弊。

设置在呼吸科者多由呼吸科主任统领，指派呼吸专科医师负责检查报告的签发，更有利于对检查中发现的特殊问题结合临床专业知识进行解读，有利于呼吸学科发展及与呼吸相关学科的交流，有利于对呼吸疾病的追踪随访。目前大多数三级综合医院及呼吸专科医院都将肺功能室设置在呼吸科，部分先进科室还将肺功能检查作为重要亚专科予以重点建设和培养。

也有部分医疗机构将肺功能室归入医院功能检查科室予以管理，与心电图、B超、神经电生理等功能科室置于同一区域，功能检查室人员交互使用。这对部分检查项目或例数不太多、单一设置肺功能检查专业人员工作量不饱和的医院，可以提高检查人员的工作绩效，哪项检查缺乏检查人员时可相互支援补充。但由于这些检查人员非专科人员，多没有经过呼吸专科培训，对呼吸生理了解不够深入，应对某些规范性的检查还能胜任，但对于呼吸生理病变比较复杂的病例的肺功能检查结果，尚有不足。

因此，建议对于呼吸专业要求较高的医院，肺功能室的管理部门置于呼吸科统一管理更为妥当。

目前小部分对肺功能检查较为重视的医院已将肺功能检查单独设置为肺功能检查科，这便于科内人员的组织管理及绩效考核，但同时需注意与呼吸、胸外等其他学科的联系沟通。