在李克用与葛从周对阵之际，跋扈嚣张的李茂贞二次兴兵犯阙！前文已讲过，自李克用讨王行瑜后，屯兵渭水北。李茂贞与韩建惧怕李克用，便向唐昭宗谢罪，事朝廷礼甚恭。可没想到李克用刚走，李茂贞就立即绝了朝贡，向朝廷上表也多傲慢无礼之词。
唐昭宗自石门还长安后，为护卫京师，于神策两军之外，增募兵万馀人，使诸王为将。李茂贞就以此为借口，向其兵士说皇帝要讨伐凤翔；扬言欲诣阙讼冤；京师士民听说后惊吓的争相逃离出城，藏匿在山谷之间。唐昭宗急忙命令通王李滋和覃王李嗣周、延王李戒丕分别带领各军，护卫京师一带。李戒丕前进到三桥驻军。可没想到这更给了李茂贞口实。李茂贞向朝廷上表说：“延王李戒丕无缘无故地发动军队欲讨伐臣，是以臣要带兵入朝请罪。”唐昭宗大惊，急忙派使者前往河东告急。不久，李茂贞就带军逼近京畿，在娄馆一战大败覃王李嗣周的军队。
七月，李茂贞向长安进军。延王李戒丕对唐昭宗说道：“如今关中藩镇无可依者，陛下不若自鄜州济河，幸河东。臣请先派使者前往告之。“李晔心知忠于皇室者，莫过李克用，便采纳其言。当皇帝一众行进到渭北时，忽然遇到了韩建的儿子韩从允。
韩从允带来父亲的奏表，希望皇帝能出幸华州。李晔心想韩建亦曾兴兵犯阙，偏偏在这时让我前去其地，不知安的什么心，还是不去的好，便拒绝了，于是继续向河东行进。没想到在李晔到达富平时，韩建竟然亲自来请。他对皇帝跪拜后，涕泣道：“如今藩臣跋扈者，非止茂贞一人。陛下若轻离宗庙园陵，远巡边鄙，臣恐车驾济河后，无复还期。华州兵力虽微，控带关辅，亦足自固。臣聚粮练兵，十五年矣，又西距长安不远，愿陛下临之，以图兴复。“李晔的一众从官本来都因河东路远而不太愿去，都纷纷劝说皇帝不如去华州。李晔见众情如此，韩建所言也的确很诚恳，便答应了韩建，随他一同到达了华州。而那李茂贞就顺势入了长安，大肆放火搞破坏，以抒己之怒气。自唐僖宗中和年间以来所修葺的宫室、市肆，焚烧俱尽。在华州，宰相诸臣都畏惧韩建，不敢专决政事。韩建还移檄诸道，令他们都输资粮送往皇帝所在之处。
李克用自魏博回师河东后，才得知皇帝已派使者前来告急。后来听说皇帝本欲来河东，最终被韩建诓了去，大为叹恨！说道：“去岁若陛下若听吾言，岂有今日之患！“又叹道：“陛下果来河东，吾得以天子之令号召诸藩镇一同勤王讨贼，届时定可重振大唐！可惜了！那韩建乃一痴物，帮贼臣削弱帝室，不为李茂贞所擒，则为朱温所虏耳！“八月时，李克用传檄诸道，望各藩镇能同自己一起，举兵勤王，讨灭国贼李茂贞。淮南杨行密也派人向皇帝密呈奏表，希望唐昭宗迁都江淮。蜀地王建则希望天子能够幸蜀。
唐昭宗愤李茂贞之逼，欲大集兵力讨之，便以王建为凤翔西面行营招讨使。十月时又以孙偓为总招讨使。李茂贞知这次玩的大了，惹恼了不少强藩，怕成众矢之的，便上表请罪，希望天子能给个自新的机会，并生成愿献钱帮助重新修建宫室。韩建表面上是救天子于危难，实则是想挟之以令诸侯，他暗中还在与李茂贞勾结。因为韩建以李茂贞为强援，若李茂贞败灭，自己势孤，将有唇亡齿寒之危。天子在韩建左右之下，最终未能出师。
韩建想进一步掌控唐昭宗，屡屡上奏请罢诸王将兵，散去殿后诸军，李晔不回复。因来到华州后，李晔独有殿后军（令诸王分将）以及都将李筠的千馀兵为护卫。如此一来，自己必将成为韩建的笼中玩物，太开始深深的后悔自己当初没有去河东。这日，唐昭宗请诸王与韩建等一众群臣饮酒。酒酣，李晔心悲思归，歌自己所制《菩萨蛮》，诸王皆和之。歌至“野烟生碧树，陌上行人去。安得有英雄，迎归大内中？”时，李晔哭，诸王亦哭。群臣皆泣下沾襟。韩建听出歌词中意，知天子不乐为自己所制，大为恼怒。
897年正月初八，韩建的一封奏表让皇帝大为心惊。其中言道：“防城将张行思等告睦、济、韶、通、彭、韩、仪、陈八王密谋杀臣，欲劫车驾幸河中。“因韩建忌惮诸王典兵，所以使张行思诬告他们。皇帝欲召韩建商议此事，韩建竟然拒绝。不久后，韩建又上表称：“诸王当自避嫌疑，不可轻为举措。且殿后军所聚皆坊市无赖奸猾之徒，平居犹思祸变，临难必不为用，而使之张弓挟刃，密迩皇舆，臣窃寒心。陛下若以友爱含容，请依旧制，遣散诸王之兵，令诸王归十六宅，选师傅教以诗书，不令典兵预政。“
李晔是又怒又怕，但自己在韩建股掌之中，怎能奈何得了他？还未想好如何处置时，韩建忽然率领引麾下精兵将皇帝行宫团团包围，说道“李筠要谋反，臣是以带兵来护驾。”前番韩建与李茂贞、王行瑜兴兵犯阙，捧日都头李筠护驾与扈从功俱称第一，李晔最引以为信重，因此韩建极为忌之，必欲除掉。此时李晔的心情极为凄凉。韩建如此相逼，怎容自己不从？他流泪与李筠告别，李筠被送到了韩建手里。在李筠被杀后，其一千余兵亦散去。当韩建使诸王归宅的奏表再次送来时，李晔如割心头肉般，不得已下诏将诸王所领军士纵归田里，诸王归十六宅，其兵器盔甲全部归韩建掌管。从此天子身旁再无自己的一兵一卒来护卫。皇帝孤身被韩建牢牢掌控！此时贵为天子的李晔心境低落到了极点，自己不但号令不了天下，反而要听命于强臣！韩建幽禁诸王于别第后，自然知道李晔不高兴。他又奏请李晔立其长子德王李裕为太子，皇帝只得又一次依从其请。韩建自此便更加亲近李裕，以进一步实现自己更大的野心！