系谱学并不只限于阐释，它同样进行评价。至此，我们似乎把事物描述为被相互斗争的力相继占有而几乎没有活力的客体。其实，客体本身也是力，是某种力的表现。这就是为什么客体与占有它的力之间或多或少存在某种亲和性的原因。客体（或现象）无一不被力占有，因为客体本身不是力的表象而是力的显灵。每一种力无不与其他力密切相关。力的存在是多元的，认为力可以单个地存在简直是一种荒谬透顶的想法。力是一种控制，也是被控制的客体。各种力在一定距离之内相互作用，而距离是每一种力包含的、借以与其他力相互关联的区分性因素——这是尼采自然哲学的基本原则，对原子论的批判必须依据这一原则来理解。这种批判表明，原子论企图把事实上只有力才拥有的本质特征即多元性和距离赋予物质。只有力才相互关联。（马克思在阐释原子论时曾说过：“原子是自身唯一的客体，它仅与自身相关”——[引自马克思“德谟克里特与伊壁鸠鲁之区分”。]问题在于，原子的基本概念是否能容纳赋予它的这种本质关系？只有从力的角度而非原子的角度来考虑问题，才能使概念前后一致。因为原子观念本身无法包含肯定这一关系所必要的差异，无法包含存在于本质之中、依据本质界定的差异。因此，原子论是始源物力论的伪装。）
于是，尼采的力的概念是一种力与另一种力相关联的概念：力在这种形式中被称为意志。意志（权力意志）是力的区分性因素。由此引出一种新的意志哲学概念。因为这一意志并非神秘地作用于肌肉或神经，更不是作用于“普遍物质”，而是必然地作用于另一个意志。真正的问题不在于意志与非意志的关系，而在于支配意志与服从意志——即多少处于服从地位的意志——之间的关系。“‘意志’当然只能作用于‘意志’，而不是‘物质’（例如‘神经’）：我们必须斗胆假设，只要能见到‘效果’的地方，就有意志凌驾于另一意志之上”（《善恶的彼岸》，36）。意志被称为复杂多元的，这是因为它一动念，就想得到服从——但是也只有意志才能服从命令。因而多元主义在意志哲学中找到直接的确证和满意的根基。尼采与叔本华正是在弄清楚意志是多元还是唯一的问题上分道扬镳的，其他一切问题皆源于此。其实，导致叔本华最终否定意志的首要原因在于他相信意志的一致性。在他看来，正因为意志本质上是一元的，刽子手最终会明白他将与他的刀下鬼异途同归。万变不离其宗的认识使意志否定自己，自囚于怜悯、道德和苦行中（叔本华：《作为意志和表象的世界》，第4卷）。尼采发现了在他看来的确属于叔本华的神秘化倾向；一旦我们假定意志具有一致性或同一性，我们注定要否定意志本身。
尼采将灵魂、自我、自我主义等概念当作原子论最后的避难所来抨击。精神原子论不会比物质原子论更有价值：“在一切意志中，所涉及的就是一个支配和服从的问题，支配和服从的基础，便是由众多灵魂构成的复合多元结构”（《善恶的彼岸》，19）。尼采所称道的自我主义总是以进攻的、好斗的姿态反对美德，反对无私的德行（《查拉图斯特拉如是说》，第3卷，“三恶”）。但事实上，以自我主义诠释意志，恰如以原子论诠释力，是一种蹩脚的解释。自我主义的存在势必需要一个自我。而把我们引向起源的只有一个事实：每一个力无论是想支配还是想服从，一律与其他力相互关联。起源是指起源中的差异，起源中的差异乃是等级体系，换言之，是支配力与被支配力、支配意志与服从意志之间的关系。等级体系与系谱学的不可分离，即是尼采所谓“我们的问题”（《人性的，太人性的》，“前言”）。等级是原初的事实，是差异与起源的同步。我们稍后会理解为什么等级的问题恰好是“自由精神”的问题。不管怎样，我们可以指出，从意义到价值、从诠释到评价将是系谱学要承担的任务。事物的意义是这一事物同占有它的力之间的关系，事物的价值则是在这一事物中表现为一种复杂现象的力的等级关系。