经此一役，林羽和柯南深知，他们虽屡次险中求胜，但这世界的暗处，危机依旧如影随形。回东京后，两人都陷入了沉思，以往解决案件的方式或许已不足以应对愈发复杂诡谲的局势，他们必须探寻更为深层的真相，挖掘那些隐藏在历史与科学交织角落里的秘密。
一日，阿笠博士兴奋地打来电话，称在研究一些古老文献时，发现了一个可能与之前神秘事件相关的传说——“命运之石的传说”。据说，在远古时代，曾有一块神秘的石头现世，拥有着能够左右世界走向的神奇力量。但随着时间的流逝，这块石头的下落渐渐成谜，只留下一些模糊的记载和隐晦的线索。
林羽和柯南敏锐地察觉到，这或许是解开诸多谜团的关键，当即决定全力追查“命运之石”的线索。他们首先拜访了一位资深的考古学家，从他那里得知，在一座偏远的岛屿上，曾发掘出一些与“命运之石”传说相符的古老遗迹和符号。
侦探联盟立刻整装出发，乘船前往那座神秘岛屿。岛上荒芜人烟，弥漫着一股神秘而古老的气息。他们在岛上艰难地穿梭，依据考古学家提供的线索，终于找到了那片遗迹所在之处。遗迹中布满了青苔和岁月的痕迹，墙壁上刻满了奇怪的图案和文字，仿佛在诉说着一段被尘封的历史。
柯南仔细研究着那些文字，凭借着渊博的知识和敏锐的洞察力，逐渐解读出了部分信息。这些文字似乎提到了“命运之石”具有操控元素的力量，并且被分成了几块，分别隐藏在不同的地方，只有集齐所有碎片，才能发挥出其真正的力量。
正当他们准备进一步探索时，一群神秘人突然从四周涌出，将他们团团围住。这些人显然早有准备，个个手持武器，眼神凶狠。为首的是一个身材高大、满脸横肉的男子，他冷笑着说：“你们这些多管闲事的侦探，今天就是你们的葬身之地！这‘命运之石’的力量是属于我们的！”
林羽毫不畏惧地站了出来：“你们休想利用这股力量为非作歹，我们一定会阻止你们的！”说罢，他和柯南迅速与侦探联盟的成员们摆好战斗姿势，准备迎接敌人的攻击。
一场激烈的战斗随即展开，敌人攻势凶猛，但侦探联盟凭借着默契的配合和顽强的斗志，逐渐稳住了阵脚。林羽充分发挥自己的格斗技巧，与敌人展开近身搏斗，柯南则利用周围的环境和他的发明，巧妙地制造陷阱和干扰，帮助队友们摆脱困境。
在战斗的混乱中，林羽发现敌人似乎在刻意保护着遗迹中的某个区域，他猜测那里可能隐藏着与“命运之石”相关的重要线索。于是，他趁着敌人不注意，奋力冲破重围，朝着那个区域跑去。
果然，在一块古老的石板下，林羽发现了一个隐藏的洞穴，洞穴中闪烁着微弱的光芒。他小心翼翼地走进洞穴，只见里面放置着一块散发着神秘气息的石头碎片，碎片上刻满了奇异的符文，与传说中的“命运之石”描述相符。
就在林羽拿起石头碎片的瞬间，洞穴开始剧烈摇晃起来，似乎触发了某种古老的机关。他意识到情况不妙，赶紧呼喊着柯南和其他成员撤离。在大家的共同努力下，他们成功摆脱了敌人的追击离开了遗迹，乘船返回了东京。
回到东京后，林羽和柯南开始研究这块石头碎片，试图找到其他碎片的线索。他们查阅了大量的古籍和资料，走访了许多专家学者，但收获甚微。然而，他们并没有放弃，继续在城市的各个角落寻找着可能的线索。
一天，毛利小五郎接到了一个委托，一位富商的家中发生了离奇的盗窃案，一些珍贵的文物和一份古老的地图被盗走。柯南觉得这起案件有些蹊跷，便和林羽一起前往调查。
在案发现场，柯南仔细观察着周围的痕迹和线索，发现了一些与之前在神秘岛屿上遇到的敌人相似的脚印和标记。他们怀疑这起盗窃案与“命运之石”的敌人有关，而那份古老的地图很可能就是寻找其他碎片的关键。
通过调查，他们追踪到了盗窃团伙的藏身之处，一个位于城市郊区的废弃工厂。当他们赶到工厂时，发现里面戒备森严，敌人显然已经做好了充分的准备。
林羽和柯南制定了一个详细的计划，他们兵分两路，从工厂的两侧潜入。在工厂内部，他们小心翼翼地避开敌人的巡逻，逐渐靠近存放地图的房间。然而，就在他们即将拿到地图时，敌人发现了他们的行踪，一场激烈的战斗再次爆发。
在战斗中，林羽为了保护柯南，不慎被敌人的武器击中，身受重伤。柯南心急如焚，但他知道此刻必须保持冷静，才能带领大家脱离危险。他发挥出自己卓越的智慧和应变能力，巧妙地利用工厂内的环境和敌人周旋，同时指挥侦探联盟的其他成员进行反击。
最终，他们成功击败了敌人，拿到了那份古老的地图。地图上标记着几个神秘的地点，柯南推测这些地点很可能就是其他“命运之石”碎片的隐藏之处。
林羽在受伤后，经过一段时间的修养，逐渐恢复了健康。他不顾身体的虚弱，再次与柯南踏上了寻找“命运之石”碎片的征程。他们根据地图的指引，前往一个位于高山深处的古老寺庙。
寺庙中弥漫着一股庄严肃穆的气息，周围的墙壁上绘满了精美的壁画，描绘着古代的传说和故事。在寺庙的大殿中，他们找到了一块与之前相似的石头碎片，但在取走碎片的过程中，触发了寺庙内的机关，一群守护石像复活了过来，向他们发起了攻击。
柯南和林羽奋力抵抗，与守护石像展开了一场惊心动魄的战斗。石像的力量强大无比，每一次攻击都让地面为之震动。但他们没有退缩，凭借着坚韧的意志和顽强的毅力，最终找到了机关的破绽，成功关闭了石像，拿走了第二块碎片。
随着碎片的逐渐集齐，他们发现每一块碎片都蕴含着独特的力量和信息，似乎在引导着他们前往一个最终的目的地。在这个过程中，他们也不断遭遇敌人的阻挠和各种危险的陷阱，但都一一克服。
当他们集齐所有碎片时，发现这些碎片拼凑在一起，形成了一个神秘的图案，图案中散发出一道强大的光芒，照亮了整个天空。光芒中出现了一个古老的影像，影像中一位智者讲述了“命运之石”的真正秘密——它并非是用来统治世界的工具，而是一种能够平衡世界元素、修复时空裂缝的神器。
然而，就在他们准备按照智者的指引，利用“命运之石”的力量修复世界的隐患时，神秘组织的残余势力再次出现，他们企图抢夺“命运之石”，实现自己邪恶的野心。一场最终的决战即将在这光芒闪耀的天空下展开……