卡洛斯地区的某处实验室内，一个圆环悬浮在空中，小智和皮卡丘从里面掉了出来。
“这里是哪里……”小智站起身四处观望，随后突然惊叫道：“弗拉达利！”
在他身前，弗拉达利正望着他，手中还拿着一个小型的笼子，其中正关着胡帕。
这时，小智四下望去，只见旁边除了一个大的笼子之外，空无一物。
“没想到只是给这家伙换个笼子的功夫，也能让它逮着机会把你传送过来。”就在这时，弗拉达利开口说道。
“弗拉达利，你不是已经和那传说的巨石一起灰飞烟灭了吗？”小智问道。
“是啊，我也很奇怪，为什么我没死。又或者说，为什么我会复活。”弗拉达利说道，“在那之后不知道过了多久，当我醒来的时候，我就已经躺在了一座湖泊旁边。更诡异的是，其他的闪焰队队员也都在那湖泊旁边。他们告诉我，他们原本已经被君莎逮捕，但是不知道为什么，突然都从监狱中消失，出现在了我的旁边。”
“那你现在抓走胡帕，又想要做什么？”小智质问道。
“做什么？答案不是明摆着吗？”弗拉达利笑了笑，“当然是完成之前没有完成的理想。虽然传说的巨石已经毁于一旦，但是百刻市的日晷还在。只要用传说的宝可梦的力量来代替传说的巨石，让它们的力量与百刻市的日晷相碰撞，同样能够打开新世界的大门。”
“什么新世界的大门，那是让整个卡洛斯地区毁灭！”小智喝道。
“来人，把他抓起来！”弗拉达利冷哼一声，顿时实验室外跑来许多闪焰队队员，他们带着各自的宝可梦，将小智团团围住。
“大家都出来吧！”小智说着，将自己的宝可梦们都召唤了出来，并分别完成了mega进化和牵绊变身。
“皮卡丘，十万伏特！甲贺忍蛙，飞水手里剑！喷火龙，喷射火焰！蜥蜴王，飞叶风暴！赫拉克罗斯，破坏光线！冰鬼护，冰冻之风！”小智说着，六只宝可梦各自施展了招式，将闪焰队队员的宝可梦全部击倒。
就在这时，弗拉达利按下了手中机器的按钮，顿时哲尔尼亚斯和伊裴尔塔尔从门外来到了实验室中。
“哲尔尼亚斯，超级角击！伊裴尔塔尔，恶之波动！”弗拉达利面无表情地说道。
“皮卡丘，电球！甲贺忍蛙，飞水手里剑！喷火龙，龙之怒！蜥蜴王，叶刃！赫拉克罗斯，真气拳！冰鬼护，头锤！”
伊裴尔塔尔使出恶之波动，与皮卡丘的电球、小智版甲贺忍蛙的飞水手里剑及mega喷火龙X的龙之怒相碰撞，黑雾弥漫。
同时，哲尔尼亚斯使出超级角击，与mega蜥蜴王的叶刃、mega赫拉克罗斯的真气拳和mega冰鬼护的头锤碰撞，双方都是倒退开。
弗拉达利眉头微皱，随后按下了另一个按钮，两只分别以小软和Z2为核心的50%形态基格尔德从实验室外走进。
“龙之波动！”弗拉达利说道。
两只基格尔德同时发出龙之波动，将小智的宝可梦都击倒了。
“可恶。”小智说着，收回了宝可梦们。
“将他关起来。”弗拉达利说完，带着胡帕离开了实验室。
一群闪焰队队员围了上去，小智努力挣扎着，但还是和皮卡丘一起被关进了闪焰队的铁笼里。
“快放我出去！”小智奋力敲击着铁笼，但是毫无作用，一群闪焰队队员不再理他，纷纷离开了实验室。
……
卡洛斯地区，某处宝可梦中心中，史特隆和尤莉嘉正在进行视频通话。
“什么？小智突然消失了？”史特隆问道。
“是的，他是被一个圆环中伸出来的手带走的。”电话另一端的丹特说道，“初步推断那是传说中的宝可梦，胡帕的圆环。也就是说，他是被胡帕给带走的。”
“我们在抵达荒漠市的时候，胡帕正好被闪焰队队员抓走了。”史特隆说道。
“闪焰队？那不是曾经险些毁掉卡洛斯地区的邪恶组织吗？”红豆杉博士说道，“我记得他们在不久之前就被全部逮捕了。”
“是的。但是不知道为什么，他们又再度出现在了卡洛斯地区，而且重新开始了行动。”史特隆说道，“说不定正是他们控制了胡帕，然后让胡帕将小智给抓走的。”
“我们明白了。”丹特说道，“总之，我们会尽快赶过去的。那边就拜托你们了。”
“嗯，我们会尽力阻止闪焰队的行动的。”史特隆说道。
结束了视频通话，尤莉嘉问道：“哥哥，接下来我们该怎么办？”
“先回密阿雷市。”史特隆说道，“布拉塔诺博士那边应该能够给我们提供一些帮助。”
说完，二人就离开了宝可梦中心。
……
不久之后，另一个宝可梦中心中，瑟蕾娜一行人也结束了与合众地区的通话。
“怎么办？小智现在很可能已经被闪焰队给关起来了。”瑟蕾娜有些焦急地说道。
“总之，先联系一下宝可梦联盟，看看他们有没有什么消息。”可尔妮说着，连接了与卡露乃的视频通话。
“有什么事吗？”卡露乃问道。
“事情是这样的……”一行人快速地将事情描述了一遍，随后莎娜说道：“所以我们想问一下，你们有没有什么关于闪焰队的消息。”
“之前我收到消息，称海神之穴附近有些异常，让我过去看个究竟。现在看来，也许就是闪焰队所导致的，说不定就是闪焰队的老巢。小智也可能被关在那里。”卡露乃说道，“最近闪焰队的行动越来越明目张胆起来，整个卡洛斯地区的形式越来越紧张起来，各道馆馆主们和四天王也已经开始行动起来了。如果能够推翻闪焰队的本部的话，应该就能够制止这一切了。”
“是，我们明白了。”艾露说道，“我们现在就前往海神之穴，救出小智。”
结束了通话，一行人当即离开宝可梦中心，向着海神之穴而去。
……
巨人洞窟外的某处隐蔽的地方，火箭队三人组正躲在这里。
“还好趁小鬼头他们的注意力都集中在那条龙上的时候，用火箭喷射器从那条龙在巨人洞窟上方打开的缺口飞了出来。”小次郎说道。
“这下子我们又没完成坂木老大交代的任务，还折损了这么多火箭队的手下，坂木老大知道了的话，恐怕会把我们直接开除吧。”武藏有些忧郁地说道。
“不管怎么说，还是先和坂木老大联系吧喵。要是连联系都没有的话，恐怕更可能开除我们喵。”喵喵说着，打开了电脑，上面露出了坂木的身影。
“情况怎么样？”坂木问道。
“这个……这个……”小次郎一脸汗水。
“该怎么说呢……总之……我们这次行动失败了。”武藏说道。
“算了。本来也没对你们寄予太大希望。”坂木冷哼一声，“你们的下一个目标，是卡洛斯地区。百刻市的日晷具有着与mega进化时相同的能量，或许那会是解决这一次事件的关键所在。另外，有消息称，卡洛斯地区存在着一股邪恶气息，你们也对这个消息进行一下调查。”
“是，坂木老大。”火箭队三人组顿时敬礼说道。
结束了联系，火箭队三人组顿时登上了之前停放在旁边的直升机，向着卡洛斯地区飞去。