一、本书的通假字和生僻字注音用小括号标明，如冥（溟）、抟（tuán）。对于存在争议的读音，则采纳较为通行的读音。
二、其他版本对本书所用版本有增补且作者认可的，以下划线标明，如“抢榆枋而止”；其他版本认为本书所用版本的某字为多余且作者认可的，以中括号标明，如“唯松柏独也[正]”；其他版本与本书所用版本存在不同且作者认可的，以大括号注明，如“亦若是则｛而｝已矣”。除此之外，其他版本与所用版本不同，一律标注在该段注释的后面，如（注1）抟。
三、如果不同的版本对某些字词的注释不尽相同，作者就根据自己的理解采用最适当的注释，或者直接给出自己的解释。
四、译文部分是作者在参照不同著作、自我领会的基础上进行写作的。
五、解说部分是本书的核心内容。作者将《庄子》原文划分成小的段落（用阿拉伯数字标注），逐段进行解说。
六、每篇开头的主旨与结构是为了帮助读者从整体上掌握该篇的观点以及写作思路，从而更清晰、准确地把握《庄子》思想。