病理诊断之后需要鉴别诊断。

①起病时即伴高血压和肾功能损害者在FSGS较微小病变性肾病更多见。这一点在成年患者更为突出，反映出肾小球节段硬化性病变使肾小球滤过率（GFR）下降。②镜下血尿的发生率FSGS也比微小病变性肾病者为高，约2/3患者可伴镜下血尿，反映肾小球存在系膜增生性病变。③尿蛋白的选择性。微小病变性肾病患者以非选择性蛋白尿多见，而FSGS则多为选择性蛋白尿。④肾小管功能。FSGS患者常伴有肾小管间质损伤，表现为尿NAG、视黄醇结合蛋白（RBP）、尿溶菌酶水平升高，尿渗量下降。一些伴严重肾间质损伤的患者，经肾小管排泄的肌酐增加，使血清肌酐水平不能如实地反映GFR。此时，同时检测血清胱抑素C水平有助于对肾功能作出正确的评价。⑤血清IgG水平。FSGS患者血清IgG水平明显降低，其下降幅度超过尿中IgG的丢失量。该变化被认为是FSGS患者体液免疫异常的表现之一。⑥FSGS患者对激素治疗的反应比微小病变性肾病差。

FSGS病变局灶分布的特点，取材肾小球数目较少，容易将部分FSGS患者误诊为微小病变性肾病。以下几点有助于鉴别：①肾小球体积。FSGS患者肾小球体积较微小病变性肾病者大。②肾小管间质病变。片状肾小管萎缩多见于节段硬化性病变，在儿童尤其如此。③取材部位。FSGS病变往往首先发生于皮-髓交界处，如肾活检标本未取到皮-髓交界处有可能使一些早期病变漏诊，这点用连续切片进行观察可以弥补。④分子标志物。微小病变性肾病患者肾小球中该分子的表达明显减少，但是其在FSGS患者肾小球中的表达无显著变化。

IgM肾病的诊断离不开免疫病理，最突出的特点是免疫病理显示系膜区弥漫IgM沉积。电镜下可在系膜区观察到细小的均质电子致密物沉积，偶见在毛细血管壁沉积。伴足细胞足突融合和微绒毛化。患者镜下血尿、高血压较微小病变性肾病多见，对激素的治疗反应也较微小病变性肾病差。

临床以大量蛋白尿为主要表现，对激素治疗大多不敏感。本病的光镜病理改变可以表现为微小病变，轻度系膜增生和FSGS样病变。免疫病理表现为C1q呈颗粒状弥漫分布于系膜区或毛细血管袢。电镜下可在系膜区见电子致密物沉积。