早期光镜下肾小球毛细血管袢基本正常，与微小病变难以区别，较易漏诊，必须借助免疫荧光和电镜来明确诊断。随着病程的进展，肾小球体积增大，基底膜弥漫增厚，钉突形成，可见嗜复红蛋白沉积。晚期则表现为基底膜明显增厚，挤压毛细血管袢，使之闭塞，系膜基质增多，肾小球硬化。

以IgG、C3为主的沿毛细血管壁颗粒样沉积。可伴有其他免疫球蛋白沉积，但强度较弱。

根据电镜可将膜性肾病进行分期。

Ⅰ期：GBM无明显增厚，足突广泛融合，GBM外侧上皮下有小块的电子致密物沉积。

Ⅱ期：疾病持续发展，上皮侧电子致密物更加明显，基底膜成分插入其中，形成光镜下可见的钉突样结构。

Ⅲ期：除上皮侧电子致密物沉积外，基底膜内亦可见被基底膜样物质包绕的电子致密物，基底膜明显增厚，出现不规则分层。

Ⅳ期：基底膜内电子致密物开始被逐渐吸收，出现电子透亮区。基底膜显著增厚，钉突反而不明显。