质子泵抑制剂本身不会增加胃食管反流病患者的心血管疾病风险，心脏疾病患者服用质子泵抑制剂一般是安全的。心血管疾病经常需要接受抗血小板治疗，常用药物包括阿司匹林、氯吡格雷等。质子泵抑制剂与氯吡格雷合用时因代谢竞争的缘故可能会影响氯吡格雷的作用，因此有研究认为，质子泵抑制剂与氯吡格雷合用可能有增加心血管不良事件的潜在风险，但这一说法目前尚存在争议，有待于进一步的研究证实。