功能亢进者以手术切除、放射治疗或化学治疗等疗法为主。比如经蝶窦的垂体瘤切除术、经腹腔镜肾上腺瘤切除术。另外由于目前不能直接治疗甲状腺自身免疫紊乱，只能通过药物阻断或放射线破坏甲状腺组织从而减少甲状腺素的合成和释放。功能减退者以激素替代治疗及病因治疗为主。例如用甲状腺素治疗甲状腺功能减退、用氢化可的松治疗肾上腺皮质功能减退、胰岛素治疗1型糖尿病。

掌握各种降糖药物的降糖效果、各种降压药物的降压效果、抗骨质疏松药物减少骨折的风险大小。一些药物由于能够针对疾病的发病机制，因此成为某些情况下的首选用药。比如肥胖的2型糖尿病患者首选二甲双胍类降糖药物。2型糖尿病伴高血压患者首选血管紧张素转换酶抑制剂（ACEI）或血管紧张素Ⅱ受体阻断剂（ARB）类降压药物。糖皮质激素诱发的骨质疏松症首选二磷酸盐类抗骨质疏松药物。也有人提出初始治疗采用作用机制不同的药物联合应用有助于增加疗效，减少副作用。

掌握内分泌治疗药物的常用剂量及最大剂量。当常用剂量效果不佳后如何换用备选药物或者联用其他药物。比如他汀类降脂药物增1倍的剂量仅能增加6%的降脂效果，必要时可联用胆固醇吸收抑制剂或烟酸类降脂药物。治疗高泌乳素血症大约有25%的患者对溴隐亭（bromocriptine）抵抗，可改用卡麦角林（cabergoline）。

当各种药物的疗效相近时，应该按照避免药物副作用的原则选择药物。告知患者服药后可能出现的不良反应能够提高依从性，减少医源性不良事件的发生。比如服用降糖药物时应注意低血糖的发生。服用抗甲亢药物要注意粒细胞缺乏、肝功能异常等。口服酚苄明应注意体位性低血压的发生。抗雄激素药物如螺内酯要注意性欲减退、男性乳房发育等。抗雌激素药物如氯米芬要注意发热、潮红等副作用。

例如肝功能异常时，谨慎使用他汀类药物。急性肝衰竭或失代偿肝硬化是他汀类药物的禁忌证。肾功能异常时，经肾脏排泄的药物应减量或停用。例如二甲双胍直接以原形经肾脏排泄，当肾功能损害时易发生二甲双胍和乳酸在体内蓄积，从而增加乳酸性酸中毒风险，因而其用于慢性肾脏疾病（CKD）3a期［eGFR 45～59ml/（min·1.73m ²）］时应减量，CKD 3b～5期患者禁用［eGFR<45ml/（min·1.73m ²）］；大部分磺脲类仅用于CKD 1～2期的患者，在3期应减量或禁用，4～5期禁用；噻唑烷二酮类虽经肝脏代谢，但因有导致水钠潴留、心力衰竭、骨折的风险，在CKD患者中也应谨慎应用；α-糖苷酶抑制剂可用于CKD 1～3期患者，而4～5期禁用。老年患者应选用作用时间短、副作用少、不影响功能状态、使用方便的药物，例如长效磺脲类促分泌剂格列本脲容易引起严重的低血糖，老年患者应尽量避免使用。

手术治疗一般用于切除增生的腺体组织或肿瘤、减轻压迫症状，可用于服药无效或停药后复发的患者，比如甲状腺、垂体瘤和肾上腺肿瘤的切除术。围术期应采取充分的措施保证手术的顺利进行和预防术后并发症的发生。比如甲亢患者行甲状腺次全切除术前口服抗甲亢药物控制症状，口服碘剂使甲状腺缩小变硬，以利于手术。肾上腺手术前控制高血压，纠正低血钾和碱中毒后方可手术。术后要注意可能发生的内分泌危象、腺体功能减退等。

放疗及化疗更多的作为手术或内科治疗的辅助手段，例如放疗用于垂体瘤术后残余肿瘤的治疗、甲状腺癌术后放射性 ¹³¹I清除残留的甲状腺癌组织。针对内分泌肿瘤的化疗见于米托坦治疗肾上腺皮质癌，阿霉素治疗转移性甲状腺癌。在常规治疗无效且处于进展状态的晚期分化型甲状腺癌患者中，可以考虑使用新型靶向药物（如酪氨酸激酶抑制剂）治疗。放疗或化疗的并发症是逐渐出现的腺体功能减退和病灶周围神经、血管的损伤。

学科进展越来越快，海量的研究文献常常使人无所适从，因此各种疾病的指南应运而生。临床指南由相关领域的专家、方法学家和信息专家共同制定，以最佳的临床研究证据为基础（对证据进行等级区分），对于规范医生临床实践、提高医疗水平、保证医患权益具有非常重要的意义。主要的内分泌代谢疾病如糖尿病、甲状腺疾病、肥胖症、高甘油三酯血症、骨质疏松症、原发性醛固酮增多症、库欣综合征、高泌乳素血症、肢端肥大症、高尿酸血症、多囊卵巢综合征均有相关的指南。甚至在某种疾病的多个方面具有多个指南，比如糖尿病患者的医学营养治疗指南、低血糖管理指南、老年糖尿病指南、高血糖急性并发症指南等。

指南定期进行更新。既往认为糖尿病患者的血压控制目标为<130/80mmHg，但鉴于证据显示进一步将收缩压降至140mmHg以下不能带来额外获益反而增加风险，故美国糖尿病学会（ADA）糖尿病指南和2013美国成人高血压指南（JNC8）都将糖尿病患者的降压治疗的收缩压目标值由小于130mmHg放宽至小于140mmHg。

在研读指南时应该注意证据的级别，是来自于专家共识、回顾性研究，还是前瞻性观察性研究、随机对照的临床试验（RCT）和荟萃分析。尽管指南以RCT和荟萃分析作为主要证据来源，但很多情况下在RCT证据不足时，专家观点发挥了主导作用。此外，RCT通常是在严格的纳入和排除标准下入选研究对象，排除了肝肾功能障碍、衰弱、妊娠、失能、痴呆、高龄等特殊人群及病情严重、合并症较多的复杂病例。指南提供的是原则，考虑的是群体共性，临床患者千变万化，治疗方案的最后确立，应在遵循普遍原则的基础上，根据患者的具体病情和本单位的可操作性，由医务人员和患者共同决定。

以循证医学为指引，临床上仍有许多未解之谜。比如抗甲亢药物维持期治疗容易复发，是选择同位素 ¹³¹I治疗或手术治疗，还是长期低剂量维持？应激性高血糖能否使用口服药物而非胰岛素治疗？亚临床甲亢的治疗应维持多长时间等。

内分泌激素影响多个器官，例如库欣综合征患者可能同时存在肥胖、糖耐量受损、高血压、骨质疏松、肾结石等。糖尿病患者可能同时存在高血压、高血脂、高尿酸、消化吸收紊乱、凝血功能异常等等。但是内分泌疾病也可能以某一种症状为主要表现，比如腹泻除考虑胃肠道疾病以外，应想到全身性疾病比如糖尿病、甲亢等。其他系统疾病也可以和内分泌疾病合并存在，如肺结核、高血压、胰腺癌、骨折等可以合并糖尿病或应激性高血糖，危重疾病可以合并低T ₃综合征，肺癌合并抗利尿激素分泌失调综合征。因此，内分泌疾病的治疗应着眼整体的疗效及副作用，例如糖皮质激素可能影响血糖和骨质疏松，甲状腺素替代治疗可能增加心房颤动和骨质疏松的风险。