肾穿刺活检作为一项有创性检查，既往因为假阴性达18%而被认为不适于临床应用。经过调整，发现其假阴性率不足1%。总的准确率高于80%。可同时明确组织学类型和分级。一般主要应用于以下情况：希望对于小的肾脏占位进行积极监测的患者；在进行消融治疗前明确病理诊断；在进行靶向治疗或放化疗前明确诊断。拟行手术治疗者无须穿刺活检。

穿刺可以在超声或CT引导下进行。肾肿瘤穿刺活检发生种植转移的概率极低。常见并发症包括肾包膜下血肿或肾周血肿，通常无须特殊处理，极端情况如出血量较大时应该按照肾裂伤处理。