微生态系统（microecosystem）指在一定结构的空间内，正常微生物群以其宿主组织和细胞及其代谢产物为环境，在长期进化过程中形成的能独立进行物质、能量及信息（包括基因）相互交流的统一的生物系统。生态系统由生物群落及其生存环境（空间）两个要素组成，在宏观生态学中，人类是以外界的空间为环境的如空气、土壤、水及动物、植物等，而在微生态系统中，正常微生物群是生物群落，人体则是其生存的空间。根据这些微生物在人体所占的空间不同，微生态系统可以分为口腔微生态系统、胃肠道微生态系统、呼吸道微生态系统、泌尿道微生态系统、生殖道微生态系统和皮肤微生态系统。正常情况下，人体的微生物群与人体自身之间处于共生状态，这是微生物与人类经过亿万年互为环境，同步进化的结果，一方面，人体为正常微生物群的生存和繁殖提供了场所和营养，并且不对它们引起强烈的免疫反应（免疫耐受）；另一方面，正常微生物群则对人体发挥着必要的生理功能，并且是我们机体不可分割的组成部分。我国微生态学奠基人康白教授提出微生态系统是人体的一个新的生理系统。