各种试验操作同样对毒性试验的结果影响很大。不正确的动物抓取方法往往会影响动物的精神和生理生化指标，并且更有可能对动物造成伤害。进行给药和各种操作均要对动物进行适当的保定，若保定方法不当，不仅影响给药的准确性，甚至还会引起动物意外死亡。静脉给药时，应特别注意给药速度，给药速度过快可导致动物因急性心功能衰竭而死亡。药物浓度和给药速度的差异也可以影响药物的作用效应，在一项犬静脉注射环己酮的试验中，发现给药剂量相同时，不同的给药浓度以及给药速率均会产生不同的毒性结果，如给药部位炎症反应、溶血以及继发反应，其中给药浓度的影响更大。这种现象在重复给药的毒性试验中对于恢复期的预后影响更为明显。

临床观察是毒性试验中一个非常关键环节，无论是急性毒性试验，或者是长期毒性试验还是其他试验，都需要每天进行，必须对每只动物进行认真仔细的观察，确保观察的准确性。临床病理检查中样品的处理和仪器的校验均非常重要。病理学检查结果对毒性试验结果的判断至关重要，从取材、修样、包埋和制片的每个步骤都会影响制片的质量，甚至会出现假阳性结果，因此，进行上述步骤时必须按照相应的标准操作规程( SOP)操作。此外试验方法的设计，给药剂量的设置，确定合适的动物种属，毒性检测指标的选择均与化合物毒性效应的发现和评价有密切的关系，应根据试验目的及可能出现的毒副作用作合理的选择，如对于发病率较低的毒性作用或个体间反应的差异较大的化合物需要增加动物的数量。最后根据试验目的及数据的特性选择合适的统计方法，对结果进行统计以得出科学的结论。