第四节 社会保障的组织运行
一 概说
就社会保障的组织体系而言，有关社会保障的法律由国会制定（《宪法》第41、59条），有关社会保障的司法权和违宪审查权属于裁判所（《宪法》第76、81条），有关社会保障的行政权属于内阁和地方公共团体（《宪法》第65、73、94条）。为了实现社会保障法对国民的给付，政府发挥着重要作用。内阁为了管理和分担相关事务，除了内阁统括下的内阁府以外，还设立了省、委员会和厅，有关社会保障的事务也由这些行政机关分担和管理（《内阁法》第3条，《国家行政组织法》第4条）。另外，地方公共团体按照《地方自治法》关于事务、组织、财政的规定，基于法令对有关社会保障事务进行管理。
关于社会保障的国家事务，大部分由厚生劳动省所属的五个部局分别对年金、医疗保险、护理保险、工伤保险、失业保险进行管理。其中年金局对国民年金、厚生年金等进行管理监督；保险局对健康保险、国民健康保险、海员保险以及后期高龄者医疗制度等进行管理监督；老人保健福利局对护理保险事务进行管理；劳动基准局对工伤保险进行管理；职业安定局对失业保险进行管理。此外，财务省等部门也进行社会保障的事务管理。以前厚生劳动省设置了作为外局的机构——社会保险厅，进行社会保险的运营，但2010年取消了社会保险厅，成立了日本年金机构，统一管理和运营公共年金。
厚生劳动省还设置了社会保障审议会、国立社会保障与人口问题研究所等机构，以及地方厚生局、地方社会保险局等地方分局（《国家行政组织法》第8—9条、《厚生劳动省设置法》、《厚生劳动省组织令》等）。比如，通过在全国设立的8个地方厚生分局处理和指导社会保险事务；作为工伤保险的实施机构，都道府县劳动局处理有关适用与征收事务，全国设立321个劳动基准监督署（截至2016年3月）处理有关给付事务；在全国设立了544个职业安定所（截至2016年11月）负责有关失业保险的适用和给付事务。
除上述国家行政机构以外，作为地方自治体的都道府县、市町村也承担相关事务。
二 社会保险的组织机构
有关《国民年金法》《国民健康保险法》《护理保险法》《失业（雇佣）保险法》《工伤保险法》等大部分行政由厚生劳动省掌管，各个共济组合法由财务省、总务省、文部省掌管。为了对有关社会保险的运营进行调查审议，设立了中央社会保险医疗协议会等审议会。另外，地方公共团体也设立了国民健康保险运营协议会等（《国民健康保险法》第11条等）。
除了由国家直接掌管社会保险的事务之外（《厚生年金法》第2条等），有些情况下，国民年金基金（《国民年金法》第115条以下）、厚生年金基金（《厚生年金法》第106条以下）、农业工人年金基金（《农业工人年金基金法》）、煤炭矿业年金基金（《煤炭矿业年金基金法》）、国民健康保险组合（《国民健康保险法》第3条第2款、第13条以下）、健康保险组合（《健康保险法》第4条、第8条以下）以及各种共济组合（《国家公务员共济组合法》）等，由特别的公共法人掌管。另外，国民健康保险、老人保健以及护理保险由市町村进行（《护理保险法》第3条等）。国家为了实施社会保险事务，设立了地方社会保险事务局、社会保险事务所、劳动基准监督署、公共职业安定所等地方分局。
此外，为了对医疗保险等的医疗费进行审查和支付，设立了社会保险医疗费支付基金以及国民健康保险团体联合会（《社会保险诊疗报酬支付基金法》、《国民健康保险法》第83条以下）。为了合理使用年金保险的公积金，设立了年金基金运用基金（《年金基金运用基金法》）。为了使社会保险事务有效运行，处理有关不服申诉，设立了社会保险审查官、社会保险审查会、护理保险审查会等特别的不服审查机构（《社会保险审查官以及社会保险审查会法》等）。
作为社会保险给付的医疗、护理服务的提供，不只是国家和公共团体，民营机构也可以进行。在接受医疗时，要基于《医疗保险法》在指定的医疗机构和药局进行。从事医疗业务的医院、诊疗所以及从事护理、照顾服务的机构必须满足一定的基本条件，医生、护士、福祉员等要有特定的资格。
三 社会扶助法的组织机构
国家有关社会扶助的大部分事务由厚生劳动者掌管，具体事务基本上由地方公共团体实施，很少由国家直接进行。但为了重视残疾人和儿童的社会扶助，厚生劳动省设立国立身体残疾人康复中心以及国立儿童自立支援机构，直接对这些事务进行管理。此外，还通过独立行政法人等从事有关社会扶助事业（《独立行政法人福利医疗机构法》等）。作为特别的行政不服审查机构，还设立了基于《战争伤病者、战争死亡者遗属等护援法》进行有关给付的护援审查会（《护援审查会令》）。
地方公共团体以“实现居民福利的提高为根本”（《地方自治法》第1条之2第1款，第2条第14款），作为其中的重要一环，是自行制定实施有关社会保障政策，进行有关社会保障的法人受托事务。地方公共团体对有关社会保障的自治事务和法定受托事务，制定条例或规则，负担费用，健全完善组织机构，进行社会保障给付。
地方公共团体还设立社会福利事务的特别行政机构，比如，福利事务所、儿童咨询所、身体残疾人康复咨询所等（《社会福利法》第14条以下，《儿童福利法》第15条以下，《身体残疾人福利法》第11条等）。另外，地方公共团体设立特别职员的职位，如进行社会扶助事务的福利主管，以及接受厚生劳动大臣的委托，以居民的立场进行咨询和提供必要支援的民生委员、儿童委员等。
社会福利事业不仅由政府实施，民营团体也发挥很大作用。社会福利法人对民营社会福利设施加以设置运营，通过社会福利协议会、共同募集资金会等进行相关事业，近年来，民营企业、市民团体（志愿者团体、NPO团体等）也越来越多地参加到社会福利事业中来。
四 社会保险法的运行
日本社会保障运行机构不是单一的统合的模式，由于新旧制度交叠的历史原因以及制度本身的复杂性，制度运行机构以厚生劳动省为主，同时涉及诸多部门。仅就狭义的社会保障的各项制度而言，从其监督机构的角度来看，就涉及厚生劳动省等十几个省厅。以社会保险为例，就有厚生劳动省、财务省、人事院、警察厅、总务省、文部科学省、农林水产省7个省厅。在这些省厅之下，是都道府县的相关部门，而实质的给付和服务的实施机构是市町村等自治体以及福利事务所、保健所、社会保险事务所等。