（三）南京水利科学研究所时期（1956—1984年）

1956年，南京水利实验处更名为南京水利科学研究所。1957年，交通部水运科学研究院筹备处所属的港工及航道研究室并入，改由水利部和交通部共同领导，更名为水利电力部交通部南京水利科学研究所（简称南科所）。1956年抽调员工95人及部分设备、图书资料参与组建北京水利科学研究所（现中国水利水电科学研究院），1966年抽调员工60人参与组建西南水利水运科学研究所（现重庆西南水运工程科学研究所，交通运输部天津水运科学研究院）。

1957年归水利部和交通部共同领导后，南科所科研业务迅速拓宽，科研人员大幅增加，场地、设备等科研条件得到显著改善。1962年南科所编制的《1963—1972年科学研究发展规划草案》明确主要任务：“研究解决华东及沿海地区水利水电工程中和全国交通运输方面的港口航道等水运工程中的关键性的、普遍性的、综合性的科学技术问题及两部指定的任务，并对有关群众性在生产建设中的成就及创造进行研究总结”；主要11个研究方向包括水工建筑物及水电站枢纽水力学、通航建筑物水力学、水工建筑物渗流及地下水动力学、通航河流河床演变及航道整治、海岸工程水文及海岸动力地貌、海港淤积及减淤措施、潮汐河口冲淤演变及整治研究、防浪建筑物及港口防浪问题、土基及土坡的稳定和变形、水运工程水工结构、港工材料耐久性，争取在淤泥质海岸港口、河口淤积及整治、通航河流河床演变、水运工程水工材料结构等学科理论研究方面打下基础，在通航建筑物水力学、水工建筑物渗流及地下水动力学、土基及土坡稳定和变形等学科理论研究方面形成特色。

这一时期，河港研究室于1972年成立了葛洲坝工程坝区泥沙模型试验组，开展葛洲坝水利枢纽泥沙模型试验研究，主要研究成果是1985年国家科技进步特等奖“葛洲坝二、三江工程及水电机组”的主要组成部分；窦国仁院士完成的“河流紊流的随机理论及其应用”获得1987年国家自然科学二等奖；在1973年周恩来总理发出“三年改变港口面貌”号召之后，南科所承担了长江中下游港址选择研究，制作了葛洲坝、长江口、连云港等大比尺整体模型，开展了葛洲坝、长江口、瓯江口、连云港、湛江港、黄埔港、秦皇岛港、八所港，以及援建毛里塔尼亚、马耳他等国家相关港口工程的试验研究；1973年开始了混凝土外加剂的研究工作，开发出非氯型混凝土早强剂及N型减水剂，填补了国内空白，并于1975年列入港工混凝土规范，在全国推广应用；1981年牵头编制的《水工混凝土外加剂技术标准》是我国第一部部颁外加剂标准，也是我国第一个混凝土外加剂国家标准。

1980年，南科所第三届学术委员会对专业方向进行了调整，明确了15个专业方向，1982年调整为水工建筑物水力学、水工通航过鱼建筑水力学、水工建筑物渗流和地下水开发利用、核技术在水利水运工程中的应用、内河航道整治、潮汐河口治理、海岸演变及海港防淤减淤措施、防浪掩护和防浪建筑物、枢纽泥沙及河流动力学、软基加固、土体变形及其与建筑物共同作用、土石坝筑坝技术、土动力学、长期静荷载作用下大块体结构、结构振动与抗震、钢筋混凝土结构、水工港工混凝土和钢筋混凝土耐久性与性能改进、水工港工钢结构腐蚀与防护技术等18个专业方向。1984年，水电部和国家科委发文明确南科所主要方向任务为：在原所方向任务的基础上，充实加强方向性和综合性的科学试验研究，以及管理和理论研究工作。