（二）南京水利实验处时期（1949—1956年）

南京解放后，中央水利实验处与外地所属机构不再保持隶属关系，水利航空测量队因为主要航测仪器被运往台湾而未能恢复。1950年5月更名为南京水利实验处，由华东军政委员会水利部代管，后改由中央水利部领导，设有水工试验室、土工试验室、水文研究室、文献室和仪器工厂等部门。为适应我国水利建设发展的需要，1951年将水工仪器实验工厂划出，成立了南京水工仪器厂，发展为后来的国电南京自动化股份有限公司和水利部水利水文自动化研究所。

这一时期，南京水利实验处主要结合治淮工程以及其他流域防洪、灌溉、防潮、防碱工程，承担了大量的科学研究和试验工作，水工、土工和港工等专业方向得到了长足发展。水工试验室开展大量治淮工程试验和专题研究，提出了闸下及输水道出口消能冲刷、消能工水力特性等研究成果；土工试验室仿制成功了国内第一台取土钻机，结合南湾水库细砂筑坝最早进行了土的液化问题研究，提出了孔隙水压力分布与沉降关系观测方法；1956年提出的电模拟试验分割模型法，至今仍为研究复杂三向渗流课题的重要手段；开展的长江南京段河道整治、黄浦江潮流泥沙模型试验研究是我国最早的动床河工模型和潮流泥沙模型试验研究；结合黄河治理，开展了黄河泥沙和水流输沙能力试验研究。

1950年，淮河水系发生10年一遇洪水，灾情严重。毛泽东主席多次批示，提出编制导淮计划的要求，题词“一定要把淮河修好”。周恩来总理主持、制定并由政务院发布了《关于治理淮河的决定》。南京水利实验处进行了相关水文资料整编，佛子岭、梅山、板桥、石漫滩等工程的溢洪道、船闸和水闸试验，地基及渗流试验，以及相关的潮浪试验、河道冲淤试验，混凝土材料试验等，保证了治淮工程以及大伙房、新安江等水利水电工程的成功建设，取得了闸下消能等重要成果，同时为我国水工材料专业的发展奠定了基础。

1956年9月，南京水利实验处制订公布了《1956—1967年科学研究工作远景规划草案》，明确提出南京水利实验处的工作方针和任务：“密切结合水利部和交通部的业务，与相关高等院校合作，以河流的水工建筑、港湾航道工程中的水工建筑、河流及港湾的整治等基本理论与生产实际问题为重点，进行实验研究工作，成为全国以这方面为主的研究机构”；确定南京水利实验处科研方向：“以中低水头水工建筑物及渗流试验，软土地基的处理及现场观测，中下游航道的河床演变及在潮汐波浪作用下河口、海岸、港湾的整治与防护等重大问题的研究为重点，并为配合上述重大问题研究的进行，拟逐步开展材料结构及测验仪器的研究工作”。