垂拱元年秋八月初五（685年9月8日），大唐新皇帝睿宗的德妃窦氏在东都洛阳生了个男孩子，取名隆基。这是睿宗的第三个儿子，也就是以后在历史上享有盛名的唐玄宗（唐明皇）。当隆基降临人世时，唐王朝正处于蒸蒸日上的时代，国势强盛，经济发展，社会安定，一片升平景象。但最高统治集团内部却并不稳定，不时发生的政治事件酝酿着巨变，颇有山雨欲来风满楼之势。
隆基诞生前两年，弘道元年（683）十二月，他的祖父高宗皇帝李治病逝。长期以来，高宗身体状况欠佳，从显庆五年（660）开始，风眩头重，目不能视，隆基的祖母，高宗皇后武则天开始协助处理一些政务。武则天“性明敏，涉猎文史，处事皆称旨”，深得高宗信任。在高宗晚年，武则天逐渐掌握了唐廷实权，“威势与帝无异，当时称为‘二圣’”。高宗去世之后，皇太子李哲继位，是为中宗。中宗尊奉武则天为皇太后，“政事咸取决焉”。
但是，中宗即位不到两个月，就被武则天废为庐陵王，赶下了皇位。武则天把皇冠授给了小儿子、李哲的弟弟睿宗李旦。
中宗被废，是因为他刚刚登上皇位，就急于树立自己的私党，想任命岳父韦玄贞为侍中，授乳母之子为五品官。不久前，韦玄贞由于女儿成为皇后而由普州参军晋升为豫州刺史，很快地再升为侍中显然不合适。这个提议受到当朝宰相裴炎的坚决反对。年轻的皇帝大为恼火，悻悻地说道：“我以天下与韦玄贞何不可，而惜侍中邪？”裴炎把这件事报告武则天，经过一番密谋，光宅元年（684）二月初六，武则天在乾元殿召集百官，裴炎和中书侍郎刘袆之、羽林将军程务挺、张虔朂率兵入宫，宣布太后命令，废中宗为庐陵王。当李哲被人从皇帝宝座上“扶”下来时，还问道：“我何罪？”武则天说：“汝欲以天下与韦玄贞，何得无罪？”这样回答，既冠冕堂皇，也有些强词夺理。武则天抓住年轻皇帝在气愤时讲的一句过头话大做文章，其实是因为自从高宗死后，她已经大权在握，正积极而有步骤地把女皇梦变成现实，任何阻挠她达到目的的势力都会被毫不留情地摧毁，即使是温情脉脉的母子之情，也不例外。武则天的个性是坚毅严酷的，她对政敌的打击绝不心慈手软，惟其如此，她才能在你死我活的权力斗争中，存在、发展并取得胜利。她把儿子放在皇位上，只是因为自己登上皇位的时机还没有成熟。她并不希望儿子真正行使皇帝的权力，更不允许他滥用权力。中宗对当时的政治形势，对自己的处境和地位，对母亲的个性和思想，都缺乏正确的了解。他以为自己是皇帝，就有绝对的权力，可以为所欲为。他自以为是的行为恰好触犯了严厉的母亲，刚刚戴上的皇冠很快就被摘下来了。
转瞬之间的皇位嬗递，使隆基得以诞生在大富大贵的皇帝之家。变幻莫测的政治风云，随之也就笼罩在幼小的隆基头顶，预示着他前程坎坷，厄运重重。
武则天轻而易举地废掉中宗，扶立睿宗，显示了极大的权威，标志着她圣衷独断的时代开始了，“自是太后常御紫宸殿，施惨紫帐以视朝”。武则天临朝称制后，加快了称帝步伐。她改东都为神都，改易旗帜、服饰的颜色，改易政府各部门的名称和官名，任用侄儿武承嗣为宰相，追封武氏五代祖为王。这些咄咄逼人的措施，变更着唐廷的祖宗成法，造成一种强大的政治压力，使“唐宗室人人自危，众心愤惋”。中宗被废后数月，发生了以英国公徐敬业为首的扬州武装叛乱。这次叛乱虽然很快被平定，但它使武则天感到宫廷内外反对派的潜在势力依然强大。于是，她大开告密之门，重用酷吏，采取高压手段，打击反对派势力，屠杀持反对意见的官员。李唐宗室是反武势力的中坚，也是武则天称帝的主要障碍，武则天对李唐宗室的打击尤其沉重。诛杀李唐宗室的事件迭起，至武则天称帝之前，唐高祖、太宗、高宗三代皇帝的皇子，除武则天自己生的李哲（中宗，又名显）和李旦（睿宗）以外，其余在世的全部被杀。“唐之宗室于是殆尽矣”。
载初元年（690）九月九日，武则天革唐命，改国号为周，改元天授。她自称“圣神皇帝”，降睿宗为皇嗣，赐姓武。这一年，隆基五岁。三岁时，他曾受封为楚王。隆基的童年时代，是在李唐宗室惨遭屠戮的恐怖气氛中度过的。幸运的是，由于父亲睿宗的聪明睿智，不仅使睿宗自己在险恶的环境中得以平安无恙，也使隆基兄弟姐妹处于较为安全的地位，可以享受一点童年的欢乐。睿宗受过良好的文化教育，为人“谦恭孝友，好学，工草隶，尤爱文字训诂之书”。和哥哥们相比，睿宗对母后武则天有更为深刻的了解，对宫廷斗争的形势和力量的对比也都有明确的认识。他即位后，垂拱二年（686）正月，“太后下诏复政于皇帝。睿宗知太后非诚心，奉表固让，太后复临朝称制”。睿宗不像哥哥中宗那样，以为当了皇帝就可以为所欲为，而是在太后临朝称制的情况下，甘心做一名无所作为的皇帝，不去干扰武则天的所作所为。所以，“自则天初临朝及革命之际，王室屡有变故，帝每恭俭退让，竟免于祸”。睿宗贵为皇帝，也仅仅是能免祸自保，“睿宗诸子皆幽闭宫中，不出门庭者十余年”。可见隆基兄弟从小就过着幽禁宫中的生活，他们童年时代的欢乐是极其有限的。
历史上把改唐为周的事件称为“革命”。围绕着这场革命，大唐的政治生活中掀起了一次又一次轩然大波，使这段历史显得格外惊心动魄，丰富多彩。一切事件的中心是武则天，她的光辉普照着这个时代。隆基正是在他雄才大略的祖母统治下，步入了青少年时期，开始了不平凡的经历。
在武周时期，隆基的父亲皇嗣李旦的处境一直是很窘迫的。武则天称帝那年，已经67岁了。她经过漫长而艰苦的斗争，才成为大周的圣神皇帝，中国历史上空前绝后的女皇。虽然她掌握着唐王朝的最高权力，宫廷斗争并没有因此而止息，只是斗争的焦点由称帝和反称帝转换为皇位由李氏、还是由武氏来继承。争夺皇位继承权的双方，一方是以武承嗣、武三思为核心的武氏集团，另一方是忠于李唐王室的朝廷重臣，他们认为应由李氏继承皇位。武则天的态度并不明朗，犹豫于双方之间。作为皇嗣的李旦地位不很稳固。皇嗣是一个含义微妙的名称。它可以解释为皇位的继承人，可是又比“太子”这样的皇位继承人的传统名分和地位降了一格。武则天给李旦以“皇嗣”名位，表明她还没有下决心把他当成真正的皇位继承人。而且，在相当长一段时间内，武则天是重武轻李的，也许她更多地倾向于在武氏子弟中选择皇位继承人，因此，武承嗣、武三思等人都在为谋求成为“太子”而大肆活动，他们当然把攻击的矛头指向皇嗣，欲取而代之。李旦既得不到武则天的充分信任和支持，只能处于被动挨整的地位。
如意元年（692）九月，武则天因齿落更生，宣布改元长寿。十月，睿宗诸子出阁，隆基兄弟可以开府置官属。这位严厉的祖母由于自己的健康长寿，心情愉快，放松了对子孙们的控制，让他们有一些独立活动的余地。隆基这时“年始七岁”，却做出了一件震动宫廷的事情：
朔望，车骑至朝堂，金吾将军武懿宗忌上严整，诃排仪仗，因欲折之。上叱之曰：“吾家朝堂，干汝何事？敢迫吾骑从！”则天闻而特加宠异之。
这是武则天称帝后，李、武两姓间第一次正面冲突。武懿宗是武则天伯父仕逸的孙子，被封为河内郡王。这个武周新贵正在春风得意、趾高气扬的时候，看到隆基的车骑仪仗威严而整齐，心中老大的不快，便用金吾将军纠察风纪的权力横加阻挠，企图挫折隆基。然而隆基毫不畏惧，理直气壮地责问：“吾家朝堂，干汝何事？敢迫吾骑从！”这针锋相对的回击，表明幼小的隆基个性倔强，已经有了权力斗争的意识。隆基政治上的早熟是和家庭教育、环境影响分不开的。他从小生活在宫廷斗争的旋涡之中，以李、武两姓的矛盾为焦点的权力之争，在耳濡目染间熏陶着他，使他很早就懂得了自己的地位和使命，激发了他为维护“吾家朝堂”而奋斗的精神，这也是他日后从事政治斗争的巨大动力。
隆基的勇敢倔强，“则天闻而特加宠异之”。也许是年迈的祖母在7岁的孙子身上看到了自己年青时敢作敢为性格的遗传，她喜欢隆基表现出的气质。唐人郑处诲记述了另一件事：
唐天后尝召诸皇孙坐于殿上，观其嬉戏，取竺西国所贡玉环钏杯盘列于前后，纵令争取，以观其志。莫不奔竞，厚有所获，独玄宗端坐，略不为动。后大奇之，抚其背曰：“此儿当为太平天子。”遂命取玉龙子以赐。
在众多的皇孙中，武则天最为看重隆基。以女皇知人之明，她对隆基的看中决非出自偶然。历史将证实，隆基没有辜负女皇的厚望。
尽管受到祖母的宠爱，厄运依然降临在隆基身上。在他出阁后不到一个月，生母窦氏就死于非命了。
长寿二年正月初二，皇嗣妃刘氏和德妃窦氏在嘉豫殿朝拜武则天以后，同时被杀，连尸骨埋于何处，都无人知晓。刘氏是李旦的元配夫人，出身于名门。祖父刘德威是唐朝开国功臣，贞观时官至刑部尚书。父延景，陕州刺史。光宅元年二月，李旦被立为帝，刘氏为皇后。睿宗降为皇嗣，刘氏为皇嗣妃。德妃窦氏是高祖李渊的皇后窦氏从兄窦抗的曾孙女，其父窦孝谌为润州刺史。窦氏为著名士族，德妃血统高贵，“姿容婉顺，动循礼则”，是隆基的生母。
刘氏和窦氏被杀的原因，据《新唐书》说是刘后“为户婢诬与窦德妃挟蛊道祝诅武后”。这件事刘子玄《太上皇实录》有较为详尽的记载：“韦团儿谄佞多端，天后尤所信任。欲私于上而拒焉，怨望，遂作桐人潜埋于二妃院内，谮杀之。”按唐律，造畜蛊毒祝诅属于十恶不赦之罪，要处以极刑。德妃窦氏被杀后，其母庞氏也被家奴诬告与德妃同祝诅，几乎被处死。多亏侍御史徐有功挺身相救，据理力争，庞氏才得减死，与其三子皆流岭外。团儿并不因此罢休，“复欲害皇嗣，有言其情于太后者，太后乃杀团儿”。
事件的起因似乎是由于韦团儿对皇嗣的私情没有得到满足。其实问题并不如此简单。一个地位低贱的户婢不仅陷害了皇嗣妃和德妃，而且敢于进而陷害皇嗣，其能量和胆量都不是她个人能具备的，必然有复杂的背景。当时，武则天即帝位不久，酷吏政治仍在盛行，“告密者皆诱人奴婢告其主，以求功赏”，成为一种社会风气。能够策动韦团儿诬陷皇嗣的势力，在宫中只能来自武氏集团。刘氏、窦氏被杀的前一天，正月初一，武则天在祭祀万象神宫时，以魏王承嗣为亚献，梁王三思为终献。在武则天称帝前一年，即永昌元年（689）享万象神宫时，是以“皇帝为亚献、太子为终献”的。对比在重要大典上人物角色的变动，可以知道武氏集团势力显著上升，他们正在积极活动，要求废掉皇嗣，立武承嗣为太子。所以，韦团儿出面诬告，应是由武氏集团势力支持的。
武则天为什么听信韦团儿的诬告，杀掉刘氏和窦氏呢？看来和她们都出身于名门望族有关。武则天原本就不希望皇嗣有家族势力强大的后妃，那样会妨碍她对皇嗣的控制。因此，只要传闻他们稍有不轨，便不问真假，加以翦除。武则天对皇嗣显然存有戒心，但她对皇位继承问题还在观察、思考之中，还没有下决心废掉皇嗣。当团儿欲加害皇嗣时，她便毫不留情地杀掉团儿。
刘氏、窦氏突然被杀，李旦内心充满悲痛，又不敢有所表示，“皇嗣畏忤旨，不敢言，居太后前，容止自如”，这个在夹缝中生活的皇嗣有苦难言，他肩负的沉重压力是可想而知的。李旦的儿子们也因此受到株连，再次入阁，软禁宫中，并且都被降爵为郡王，隆基的大哥皇孙成器前已由皇太子降为皇孙，现更降为寿春郡王，二哥恒王成义为衡阳郡王，隆基则由楚王降为临淄王，四弟卫王隆范为巴陵郡王，五弟赵王隆业为彭城郡王。
这样一来，隆基不仅失去了自由，而且失去了母亲。幼小的隆基为“窦姨鞠养”。窦姨是德妃窦氏的妹妹，后来是肃宗张皇后的祖母。骤然降落的灾难和失去母亲的痛苦都在隆基的心灵中留下深深创伤。窦姨由于曾经抚养过隆基，“景云中，封邓国夫人，恩渥甚隆”。
厄运并没有结束，隆基很快就陷入更大的危险之中。
隆基兄弟被降爵后不久，有人上告前尚方监裴匪躬、内常侍范云仙私下谒见皇嗣，一月二十四日，裴、范二人被腰斩于市。从此，皇嗣与外朝公卿的联系完全断绝，形同囚犯。紧接着，又有人告皇嗣有异谋，武则天命酷吏来俊臣审理此案。在来俊臣的严刑逼供之下，皇嗣身边亲随都纷纷承认谋反，只有太常工人安金藏坚决不承认，他对来俊臣说：“公既不信金藏之言，请剖心以明皇嗣不反。”言毕，用佩刀自剖腹部，五脏皆出，血流遍地。太常工人以音乐为业，在唐代属于贱民，他们“得于州县附贯，依旧太常上下，别名太常音声人”，是贱民阶层中最上的一个等级。武则天以政治家的敏锐，从安金藏的态度中，觉察到所谓皇嗣谋反不实和社会下层人民对李唐王室的支持，下令停止审讯并令宫中御医为安金藏疗伤，“太后亲临视之，叹曰：‘吾有子不能自明，使汝至此’”。李旦才得以幸免于难。这次事件，是李旦政治生涯中最险恶的一次，如果没有安金藏的拼死反抗，谋反的罪名眼看就要成立，李旦及其子女都会被处以极刑。隆基当时年龄尚小，不会完全理解这次触犯死亡线的巨大危险。
隆基的厄运是受父亲李旦的株连所致。李旦受到的一连串打击，则是武氏集团营求继承皇位活动的一部分。武承嗣、武三思都想当太子，他们一再对武则天说：“自古天子未有以异姓为嗣者。”以狄仁杰为首的朝臣们则再三劝武则天放弃以武氏代李氏的想法，他们的理由，集中到一点，就是“未闻侄为天子而祔姑庙者也”。狄仁杰等人还建议复立庐陵王，由吉顼通过武则天的内宠张易之、张昌宗劝说武则天迎还庐陵王。在立侄还是立子之间，武则天面临着重要的抉择，经过长期的犹豫和思考，她从宫廷内外的实际情况和自己的切身利益出发，最终下决心将来传位给儿子，但不传给皇嗣李旦，而是准备复立庐陵王。
复立庐陵王的原因，一是按照皇位承继的顺序，庐陵王年长当立。废掉中宗的事件是不得人心的。后来徐敬业扬州起兵、琅琊王李冲、越王李贞起兵都以“匡复庐陵王”“迎还中宗”为政治口号，甚至契丹孙万荣在圣历元年（698）二月进围幽州（治今北京城西南）时，还移檄朝廷，责问“何不归我庐陵王？”二是从李、武两姓的关系考虑，立庐陵王较妥当。李旦作为皇嗣，受到武氏集团的不断攻击，双方积怨颇深。中宗被贬，远在房州（治今湖北房县），在李、武两姓的斗争中较为超脱。武则天虽然确定传子，她并不想因此伤害武氏的既得利益，立庐陵王为太子，对武氏的威胁小些。即使如此，她还担心身后太子与诸武不相容，故“命太子、相王、太平公主与武攸暨等为誓文，告天地于明堂，铭之铁券，藏于史馆”。可见其调和李、武两姓的矛盾，用心良苦。事实上，中宗即位后，和武氏集团的关系融洽，武则天的愿望大体实现了。
武则天关于太子问题的决定，暂时把隆基从厄运下解脱出来了。圣历元年三月初九，庐陵王回到洛阳，武承嗣看到继承皇位已无希望，心情郁闷，病死于八月。皇嗣李旦一再请求让位于庐陵王。九月，武则天复立庐陵王李哲为皇太子，复名显。皇嗣李旦被封为相王。相王诸子再次被放出阁，“列第于东都积善坊，五人分院同居，号‘五王宅’”。这年，隆基14岁了，经过六年的幽禁生活，又重新获得自由。