《洗冤集录》在初次刊行后的几百年间屡有修订、增补,各种版本的卷数、小节标题甚至书名亦有不同。

《洗冤集录》初刊于南宋淳祐丁未(1247),由宋慈自刻。但该版本与宋代其他版本现皆不存。当时宋慈正值湖南提刑充大使行府参议官任上,故后世翻刻时又将此书题为《宋提刑洗冤集录》。

现存最早的《宋提刑洗冤集录》版本是元大德年间建阳余氏勤有堂刊本,现藏于北京大学图书馆。该本共五卷,半叶十六行,行二十七字,黑口,卷端题“朝散大夫新除直秘阁湖南提刑充大使行府参议官宋慈惠父编”,有宋慈自序。该本成为日后众多版本的祖本。2005年北京图书馆出版社影印出版了建阳余氏勤有堂刊本《宋提刑洗冤集录》。

明初沿用元大德年间建阳余氏勤有堂《洗冤集录》刊本,共五卷五十三篇,现存南京图书馆。清兰陵孙星衍于嘉庆十二年(1807)依据元大德年间建阳余氏勤有堂本校刊,由顾广圻复校刊印,后又被收入《岱南阁丛书》中,称《岱南阁丛书》本,卷首有牌记“兰陵孙氏元椠重刊”字样。该本为五卷五十三篇,存宋慈作原序一篇,是目前流传最广的本子。商务印书馆发行的王云五《丛书集成初编》中收录的版本便是据《岱南阁丛书》本排印。

清嘉庆十七年(1812),藏书家吴鼒将宋慈《洗冤集录》、赵逸斋《平冤录》和王与《无冤录》三书汇集,并刻印成《宋元检验三录》。因当时孙氏与吴氏的《洗冤集录》重刊本都由顾广圻所刻,故可推测吴鼒重刻本是按孙星衍重刻所用元刊本覆刻。清陆心源曾藏宋慈《洗冤集录》影宋钞本。清代藏书家许梿于咸丰四年(1854)编刻《洗冤录详义》时曾用过此影宋钞本作校本,并校录了宋慈《洗冤集录》。

此外,《洗冤集录》还有明初杨士奇《文渊阁书目》(卷十四著录《洗冤集录》)、明代建阳闽潭城书林萃庆堂刻本《附刻宋提刑洗冤录》、明万历胡文焕覆刻本(收录在胡文焕万历年间所刻《格致丛书》)、万历《建阳县志·艺文志》“梓书门”著录明代建阳书坊《洗冤集录》刻本、附刊于《御制新颂大明律例注释招拟折狱指南》(其内容以宋慈《洗冤集录》为主,结合王与《无冤录》内容而成)、清康熙三十三年(1694)大清律例馆组织修订的《洗冤集录》(定本为朝廷正式颁发的官书《律例馆校正洗冤录》)、清康熙三十四年(1695)于琨辑注《祥刑要览》四卷(其中卷二、卷三为《洗冤集录》上下二册,以元刊《洗冤集录》为主)、清《四库全书》二卷本《洗冤集录》(从明《永乐大典》辑出)、咸丰四年(1854)许梿编刻《洗冤录详义》四卷(以《洗冤集录》为蓝本)等诸多版本。

在众多版本中,清代孙星衍依元刻本校刊的《宋提刑洗冤集录》、许梿的《洗冤录详义》等影响很大。本书采用的底本,即清嘉庆十二年(1807)孙星衍依元刻本校刊的《宋提刑洗冤集录》,其被认为是宋本《洗冤集录》的重刊。